Flemming Steen Jørgensen

2019

An Optimized Screen Reduces the Number of GA Transporters and Provides Insights Into Nitrate Transporter 1/Peptide Transporter Family Substrate Determinants

Wulff, N., Ernst, H. A., Jørgensen, M. E., Lambertz, S., Maierhofer, T., Belew, Z. M., Crocoll, C., Motawia, M. S., Geiger, D., Jørgensen, F. S., Mirza, O. & Nour-Eldin, H. H., 3 okt. 2019, I: Frontiers in Plant Science. 10

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

Both Reactivity and Accessibility Are Important in Cytochrome P450 Metabolism: A Combined DFT and MD Study of Fenamic Acids in BM3 Mutants

Leth, R., Ercig, B., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 25 feb. 2019, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 59, 2, s. 743-753 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

Fast Methods for Prediction of Aldehyde Oxidase-Mediated Site-of-Metabolism

Montefiori, M., Lyngholm-Kjærby, C., Long, A., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 1 jan. 2019, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 17, s. 345-351 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

4 Citationer (Scopus)

Molecular Dynamics Simulations Reveal the Proton:Peptide Coupling Mechanism in the Bacterial Proton-Coupled Oligopeptide Transporter YbgH

Aduri, N. G., Montefiori, M., Khalil, R., Gajhede, M., Jørgensen, F. S. & Mirza, O., 25 jan. 2019, I: ACS Omega. 4, 1, s. 2040-2046 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

SMARTCyp 3.0: enhanced cytochrome P450 site-of-metabolism prediction server

Olsen, L., Montefiori, M., Tran, K. P. & Jørgensen, F. S., 1 sep. 2019, I: Bioinformatics (Oxford, England). 35, 17, s. 3174-3175 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

Structural analysis of Cytochrome P450 BM3 mutant M11 in complex with dithiothreitol

Frydenvang, K., Verkade-Vreeker, M. C. A., Dohmen, F., Commandeur, J. N. M., Rafiq, M., Mirza, O., Jørgensen, F. S. & Geerke, D. P., maj 2019, I: PLoS ONE. 14, 5, 15 s., e0217292.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

14 Downloads (Pure)

2018

The anti-epileptic drug lamotrigine inhibits the CYP17A1 lyase reaction in vitro

Munkboel, C. H., Christensen, L. R., Islin, J., Bonomo, S., Olsen, L., Jorgensen, F. S. & Styrishave, B., 1 okt. 2018, I: Biology of Reproduction. 99, 4, s. 888-897

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

2017

Aldehyde Oxidase: Reaction Mechanism and Prediction of Site of Metabolism

Montefiori, M., Jorgensen, F. S. & Olsen, L., 31 aug. 2017, I: ACS Omega. 2, 8, s. 4237-4244

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

16 Citationer (Scopus)

88 Downloads (Pure)

Dissecting the Cytochrome P450 1A2- and 3A4-Mediated Metabolism of Aflatoxin B1 in Ligand and Protein Contributions

Bonomo, S., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 24 feb. 2017, I: Chemistry: A European Journal. 23, 12, s. 2884-2893 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

19 Citationer (Scopus)

Mechanism of Cytochrome P450 17A1-Catalyzed Hydroxylase and Lyase Reactions

Bonomo, S., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 22 maj 2017, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 57, 5, s. 1123-1133 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

14 Citationer (Scopus)

Structure-based optimisation of non-steroidal cytochrome P450 17A1 inhibitors

Larsen, M., Hansen, C. H., Rasmussen, T. B., Styrishave, B., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 28 feb. 2017, I: Chemical Communications. 53, 3118, 4 s., 3118.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

The low binding affinity of D-serine at the ionotropic glutamate receptor GluD2 can be attributed to the hinge region

Tapken, D., Steffensen, T. B., Leth, R., Kristensen, L. B., Gerbola, A., Gajhede, M., Jørgensen, F. S., Olsen, L. & Kastrup, J. S., 7 apr. 2017, I: Scientific Reports. 7, 12 s., 46145.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

8 Citationer (Scopus)

86 Downloads (Pure)

2016

Cytochrome P450 Mediated Drug Metabolism

Olsen, L., Jørgensen, F. S. & Oostenbrink, C., 2016, New Horizons in Predictive Drug Metabolism and Pharmacokinetics. Wilson, A. G. E. (red.). Cambridge: Royal Society of Chemistry, s. 66-78 13 s. (RSC Drug Discovery, Bind 49).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

Enantioselective endocrine disrupting effects of omeprazole studied in the H295R cell assay and by molecular modeling

Sørensen, A. M., Hansen, C. H., Bonomo, S., Olsen, L., Jørgensen, F. S., Weisser, J. J., Kretschmann, A. C. & Styrishave, B., 1 aug. 2016, I: Toxicology in Vitro. 34, s. 71-80 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

13 Citationer (Scopus)

Insights into regioselective metabolism of mefenamic acid by cytochrome P450 BM3 mutants through crystallography, docking, molecular dynamics, and free energy calculations

Capoferri, L., Leth, R., Ter Haar, E., Mohanty, A. K., Grootenhuis, P. D. J., Vottero, E., Commandeur, J. M. N., Vermeulen, N. P. E., Jørgensen, F. S., Olsen, L. & Geerke, D. P., 1 mar. 2016, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 84, 3, s. 383-96 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

21 Citationer (Scopus)

Promising Tools in Prostate Cancer Research: Selective Non-Steroidal Cytochrome P450 17A1 Inhibitors

Bonomo, S., Hansen, C. H., Petrunak, E. M., Scott, E. E., Styrishave, B., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 12 jul. 2016, I: Scientific Reports. 6, 11 s., 29468.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

27 Citationer (Scopus)

61 Downloads (Pure)

2015

Density functional theory study on the formation of reactive benzoquinone imines by hydrogen abstraction

Leth, R., Rydberg, P., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 23 mar. 2015, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 55, 3, s. 660-6 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

7 Citationer (Scopus)

Prediction of cytochrome P450 mediated metabolism

Olsen, L., Oostenbrink, C. & Jørgensen, F. S., 23 jun. 2015, I: Advanced Drug Delivery Reviews. 86, s. 61-71 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

62 Citationer (Scopus)

Salt-bridge Swapping in the EXXERFXYY Motif of Proton Coupled Oligopeptide Transporters

Aduri, N. G., Prabhala, B. K., Ernst, H. A., Jørgensen, F. S., Olsen, L. & Mirza, O., 11 dec. 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 50, s. 29931-29940 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

10 Citationer (Scopus)

2014

Design of prodrugs targeting the intestinal di/tri‐peptide transporter hPEPT1 (SLC15A1

Omkvist, D. H., Nielsen, C. U., Steffansen, B., Larsen, S. B., Olsen, L., Jørgensen, F. S. & Brodin, B., 4 apr. 2014. 1 s.

Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning › peer review

1267 Downloads (Pure)

Use of density functional theory in drug metabolism studies

Rydberg, P., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., feb. 2014, I: Expert Opinion on Drug Metabolism & Toxicology. 10, 2, s. 215-27 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

18 Citationer (Scopus)

2012

A robust force field based method for calculating conformational energies of charged drug-like molecules

Pøhlsgaard, J., Harpsøe, K., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 27 feb. 2012, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 52, 2, s. 409-419

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

A steered molecular dynamics study of binding and translocation processes in the GABA transporter

Skovstrup, S., David, L., Taboureau, O. & Jørgensen, F. S., 21 jun. 2012, I: P L o S One. 7, 6, s. e39360

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

19 Citationer (Scopus)

Synthesis and antiangiogenic activity of N-alkylated levamisole derivatives

Hansen, A. N., Bendiksen, C. D., Sylvest, L., Friis, T., Stærk, D., Jørgensen, F. S., Olsen, C. A. & Houen, G., 14 sep. 2012, I: P L o S One. 7, 9, 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

1601 Downloads (Pure)

2011

G protein- and agonist-bound serotonin 5-HT_2A receptor model activated by steered molecular dynamics simulations

Ísberg, V., Balle, T., Sander, T., Jørgensen, F. S. & Gloriam, D. E. I., 28 feb. 2011, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 51, 2, s. 315-325

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

37 Citationer (Scopus)

Identification of CYP1A2 ligands by structure-based and ligand-based virtual screening

Poongavanam, V., Lastdrager, J., Oostenbrink, C., Commandeur, J. N. M., Vermeulen, N. P. E., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., sep. 2011, I: MedChemComm. 2, 9, s. 853-859

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

In silico predictions of hERG channel blockers in drug discovery: from ligand-based and target-based approaches to systems chemical biology

Taboureau, O. & Jørgensen, F. S., jun. 2011, I: Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. 14, 5, s. 375-387

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

43 Citationer (Scopus)

2010

A diversity optimized combinatorial library for the identification of Fc-fragment binding ligands

Nielsen, A. L., Jørgensen, F. S., Olsen, L., Christensen, S. F., Benie, A. J., Bjørnholm, T. & St. Hilaire, P. M., 2010, I: Biopolymers. 94, 2, s. 192-205

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

A quantitative structure-activity relationship for translocation of tripeptides via the human proton-coupled peptide transporter, hPEPT1 (SLC15A1)

Omkvist, D. H., Larsen, S. B., Nielsen, C. U., Steffansen, B., Olsen, L., Jørgensen, F. S. & Larsen, B. B., sep. 2010, I: The AAPS Journal. 12, 3, s. 385-396

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

22 Citationer (Scopus)

Biostructure-based drug design

Jørgensen, F. S. & Kastrup, J. S., 2010, Textbook of drug design and discovery. Krogsgaard-Larsen, P., Strømgaard, K. & Madsen, U. (red.). 4 udg. Boca Raton: CRC Press, s. 29-42

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning

Computational prediction of binding affinity for CYP1A2-ligand complexes using empirical free energy calculations

Poongavanam, V., Olsen, L., Jørgensen, F. S., Vermeulen, N. P. E. & Oostenbrink, C., aug. 2010, I: Drug Metabolism and Disposition. 38, 8, s. 1347-1354

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

32 Citationer (Scopus)

Forbedret optagelse af lægemidler i organismen: computeren viser vejen

Larsen, S. B., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 2010, I: Dansk Kemi. 91, 6/7, s. 18-20

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

1706 Downloads (Pure)

Homology modelling of the GABA transporter and analysis of tiagabine binding

Skovstrup, S., Taboureau, O., Bräuner-Osborne, H. & Jørgensen, F. S., 5 jul. 2010, I: ChemMedChem. 5, 7, s. 986-1000

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

37 Citationer (Scopus)

Mutational mapping and modeling of the binding site for (S)-citalopram in the human serotonin transporter

Andersen, J., Olsen, L., Hansen, K. B., Taboureau, O., Jørgensen, F. S., Jørgensen, A. M., Bang-Andersen, B., Egebjerg, J., Strømgaard, K. & Kristensen, A. S., 15 jan. 2010, I: Journal of Biological Chemistry. 285, 3, s. 2051-2063

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

76 Citationer (Scopus)

2009

Classification of cytochrome P450 1A2 inhibitors and noninhibitors by machine learning techniques

Poongavanam, V., Taboureau, O., Oostenbrink, C., Vermeulen, N. P. E., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 2009, I: Drug Metabolism and Disposition. 37, 3, s. 658-664

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

79 Citationer (Scopus)

Computeren er medicinalkemikerens arbejdshest

Larsen, S. B., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 2009, I: Lægemiddelforskning. s. 7-9

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

1156 Downloads (Pure)

Discovery of ligands for the human intestinal di-/tripeptide transporter (hPEPT1) using af QSAR-assisted virtual screening strategy

Larsen, S. B., Omkvist, D. H., Larsen, B. B., Nielsen, C. U., Steffansen, B., Olsen, L. & Jørgensen, F. S., 2009, I: ChemMedChem. 4, 9, s. 1439-1445

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

7 Citationer (Scopus)

Virtual screening and prediction of site of metabolism for cytochrome P450 1A2 ligands

Poongavanam, V., Hritz, J., Taboureau, O., Olsen, L., Jørgensen, F. S., Vermeulen, N. P. E. & Oostenbrink, C., 2009, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 49, 1, s. 43-52

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

71 Citationer (Scopus)

2008

hERG classification model based on a combination of support vector machine method and GRIND descriptors

Li, Q., Jørgensen, F. S., Oprea, T., Brunak, S. & Taboureau, O., jan. 2008, I: Molecular Pharmaceutics. 5, 1, s. 117-127 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

65 Citationer (Scopus)

QSAR models for the human H⁺/peptide symporter, hPEPT1: Affinity prediction using alignment-independent descriptors

Larsen, S. B., Jørgensen, F. S. & Olsen, L., 2008, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 48, 1, s. 233-241

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

22 Citationer (Scopus)

Risiko for hjerteflimmer afsløres med computermodel

Taboureau, O., Brunak, S. & Jørgensen, F. S., 2008, I: Lægemiddelforskning. s. 31-33

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

2334 Downloads (Pure)

Small angle X-ray scattering study of calreticulin reveals conformational plasticity

Toft, K. N., Larsen, N., Jørgensen, F. S., Højrup, P., Houen, G. & Vestergaard, B., 2008, I: BBA General Subjects. 1784, 9, s. 1265-1270

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

25 Citationer (Scopus)

Solvent diversity in polymorph screening

Allesø, M., Van Der Berg, F. W. J., Cornett, C., Jørgensen, F. S., Halling-Sørensen, B., Lopez de Diego, H., Hovgaard, L., Aaltonen, J. & Rantanen, J. T., 2008, I: Journal of Pharmaceutical Sciences. 97, 6, s. 2145-2159

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

41 Citationer (Scopus)

2007

Computational prediction of solubilizers' effect on partitioning

Høst, J., Christensen, I. T., Jørgensen, F. S., Frøkjær, S. & Hovgaard, L., 2007, I: Internation Journal of Pharmaceutics. 329, 1-2, s. 46-52

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

4 Citationer (Scopus)

Determination of protein conformation by isotopically labelled cross-linking and dedicated software: Application to the chaperone, calreticulin

Nielsen, T., Thaysen-Andersen, M., Larsen, N., Jørgensen, F. S., Houen, G. & Højrup, P., 2007, I: International Journal of Mass Spectrometry. 268, 2-3, s. 217-226

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

14 Citationer (Scopus)

Study on the binding of Thioflavin T to ß-sheet-rich and non-ß-sheet cavities

Jensen, M. G., Olsen, L., Van De Weert, M., Flink, J. M., Frøkjær, S. & Jørgensen, F. S., 2007, I: Journal of Structural Biology. 158, 3, s. 358-369

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

183 Citationer (Scopus)

2006

Development of a QSAR model for binding of tripeptides and tripeptidomimetics to the human intestinal di-/tripeptide transporter hPEPT1

Andersen, R., Jørgensen, F. S., Olsen, L., Våbenø, J., Thorn, K., Nielsen, C. U. & Steffansen, B., 2006, I: Pharmaceutical Research. 23, 3, s. 483-92 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

15 Citationer (Scopus)

Hvad har varme at gøre med lægemidler?

Olsen, L., Kasper, C., Kastrup, J. S. J., Gajhede, M. & Jørgensen, F. S., 2006, I: Lægemiddelforskning. s. 31-33

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

Identification of a gene on chromosome 12q22 uniquely overexpressed in chronic lymphocytic leukemia

Buhl, A. M., Jurlander, J., Jørgensen, F. S., Ottesen, A. M., Cowland, J. B., Gjerdrum, L. M., Hansen, B. V. & Leffers, H., 2006, I: Blood. 107, 7, s. 2904-11 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

49 Citationer (Scopus)

In vitro evaluation of N-methyl amide tripeptidomimetics as substrates for the human intestinal di-/tri-peptide transporter hPEPT1

Andersen, R., Nielsen, C. U., Begtrup, M., Jørgensen, F. S., Brodin, B., Frokjaer, S. & Steffansen, B., 2006, I: European Journal of Pharmaceutical Sciences. 28, 4, s. 325-35 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

Flemming Steen Jørgensen

Publikation

Søgeresultater