Robin Andersson

2020

Determinants of enhancer and promoter activities of regulatory elements

Andersson, R. & Sandelin, A., 1 feb. 2020, I: Nature Reviews Genetics. 17 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › peer review

78 Citationer (Scopus)

2019

CAGEfightR: analysis of 5'-end data using R/Bioconductor

Thodberg, M., Thieffry, A., Vitting-Seerup, K., Andersson, R. & Sandelin, A., 4 okt. 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 13 s., 487.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

8 Downloads (Pure)

PLZF targets developmental enhancers for activation during osteogenic differentiation of human mesenchymal stem cells

Agrawal-Singh, S., Lerdrup, M., Gomes, A-L. R., van de Werken, H. J. G., Johansen, J. V., Andersson, R., Sandelin, A., Helin, K. & Hansen, K., 23 jan. 2019, I: eLife. 8, s. 1-32 32 s., e40364.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

14 Citationer (Scopus)

85 Downloads (Pure)

2018

Characterization of the enhancer and promoter landscape of inflammatory bowel disease from human colon biopsies

Boyd, M., Thodberg, M., Vitezic, M., Lange, J. B., Vitting-Seerup, K., Chen, Y., Coskun, M., Li, Y., Lo, B. Z. S., Klausen, P., Schweiger, P., Pedersen, A. G., Rapin, N. P. J-P., Skovgaard, K., Dahlgaard, K., Andersson, R., Terkelsen, T. B., Lilje, B., Troelsen, J. T., Petersen, A. M., & 7 flereJensen, K. B., Gögenur, I., Thielsen, P., Seidelin, J. B., Nielsen, O. H., Bjerrum, J. T. & Sandelin, A. G., 1 dec. 2018, I: Nature Communications. 9, 19 s., 1661.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

20 Citationer (Scopus)

120 Downloads (Pure)

Loss-of-function variants in ADCY3 increase risk of obesity and type 2 diabetes

Grarup, N., Moltke, I., Andersen, M. K., Dalby, M., Vitting-Seerup, K., Kern, T. S., Mahendran, Y., Jørsboe, E., Larsen, C. V. L., Dahl-Petersen, I. K., Gilly, A., Suveges, D., Dedoussis, G., Zeggini, E., Pedersen, O. B., Andersson, R., Bjerregaard, P., Jørgensen, M. E., Albrechtsen, A. & Hansen, T., 2018, I: Nature Genetics. 50, 2, s. 172-174 3 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

60 Citationer (Scopus)

MCM2 promotes symmetric inheritance of modified histones during DNA replication

Petryk, N., Dalby, M., Wenger, A., Stromme, C. B., Strandsby, A., Andersson, R. & Groth, A., 28 sep. 2018, I: Science. 361, 6409, s. 1389-1392 3 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

66 Citationer (Scopus)

14 Downloads (Pure)

Shared activity patterns arising at genetic susceptibility loci reveal underlying genomic and cellular architecture of human disease

Baillie, J. K., Bretherick, A., Haley, C. S., Clohisey, S., Gray, A., Neyton, L. P. A., Barrett, J., Stahl, E. A., Tenesa, A., Andersson, R., Brown, J. B., Faulkner, G. J., Lizio, M., Schaefer, U., Daub, C., Itoh, M., Kondo, N., Lassmann, T., Kawai, J., Mole, D., & 14 flereBajic, V. B., Heutink, P., Rehli, M., Kawaji, H., Sandelin, A. G., Suzuki, H., Satsangi, J., Wells, C. A., Hacohen, N., Freeman, T. C., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A. R. R. & Hume, D. A., mar. 2018, I: PLoS Computational Biology. 14, 3, 24 s., e1005934.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

74 Downloads (Pure)

The RNA exosome contributes to gene expression regulation during stem cell differentiation

Llinares, M. L., Karadoulama, E., Chen, Y., Wojenski, L. A., Villafano, G. J., Bornholdt, J., Andersson, R., Core, L., Sandelin, A. & Jensen, T. H., 30 nov. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 21, s. 11502-11513

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

19 Citationer (Scopus)

44 Downloads (Pure)

Transcriptional decomposition reveals active chromatin architectures and cell specific regulatory interactions

Rennie, S., Dalby, M., van Duin, L. & Andersson, R., 1 dec. 2018, I: Nature Communications. 9, 16 s., 487.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

20 Citationer (Scopus)

77 Downloads (Pure)

Transcription start site analysis reveals widespread divergent transcription in D. melanogaster and core promoter-encoded enhancer activities

Rennie, S., Dalby, M., Lloret-Llinares, M., Bakoulis, S., Dalager Vaagensø, C., Jensen, T. H. & Andersson, R., 20 jun. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 11, s. 5455-5469 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

17 Citationer (Scopus)

39 Downloads (Pure)

2017

Identification of gene transcription start sites and enhancers responding to pulmonary carbon nanotube exposure in Vivo

Lange, J. B., Saber, A. T., Lilje, B., Boyd, M., Jørgensen, M., Chen, Y., Vitezic, M., Jacobsen, N. R., Poulsen, S. S., Berthing, T., Bressendorff, S., Vitting-Seerup, K., Andersson, R., Hougaard, K. S., Yauk, C. L., Halappanavar, S., Wallin, E. H. R., Vogel, U. & Sandelin, A. G., 25 apr. 2017, I: A C S Nano. 11, 4, s. 3597-3613 17 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

Transcriptional dynamics during human adipogenesis and its link to adipose morphology and distribution

Ehrlund, A., Mejhert, N., Björk, C., Andersson, R., Kulyté, A., Åström, G., Itoh, M., Kawaji, H., Lassmann, T., Daub, C. O., Carninci, P., Forrest, A. R. R., Hayashizaki, Y., Sandelin, A. G., Ingelsson, E., FANTOM Consortium, Rydén, M., Laurencikiene, J., Arner, P. & Arner, E., 1 jan. 2017, I: Diabetes. 66, 1, s. 218-230 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

15 Citationer (Scopus)

Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals

Lizio, M., Harshbarger, J., Abugessaisa, I., Noguchi, S., Kondo, A., Severin, J., Mungall, C., Arenillas, D., Mathelier, A., Medvedeva, Y. A., Lennartsson, A., Drabløs, F., Ramilowski, J. A., Rackham, O., Gough, J., Andersson, R., Sandelin, A. G., Ienasescu, H-I., Ono, H., Bono, H., & 5 flereHayashizaki, Y., Carninci, P., Forrest, A. R. R., Kasukawa, T. & Kawaji, H., 1 jan. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, D1, s. D737-D743 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

57 Citationer (Scopus)

75 Downloads (Pure)

2016

On-the-fly selection of cell-specific enhancers, genes, miRNAs and proteins across the human body using SlideBase

Ienasescu, H-I., Li, K., Andersson, R., Vitezic, M., Rennie, S., Chen, Y., Vitting-Seerup, K., Lagoni, E., Boyd, M., Lange, J. B., de Hoon, M. J. L., Kawaji, H., Lassmann, T., FANTOM Consortium, Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Carninci, P. & Sandelin, A. G., 1 jan. 2016, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016, 0, 10 s., baw144.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

10 Citationer (Scopus)

85 Downloads (Pure)

Principles for RNA metabolism and alternative transcription initiation within closely spaced promoters

Chen, Y., Pai, A. A., Herudek, J., Lubas, M., Meola, N., Järvelin, A. I., Andersson, R., Pelechano, V., Steinmetz, L. M., Jensen, T. H. & Sandelin, A. G., 1 sep. 2016, I: Nature Genetics. 48, 9, s. 984-994 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

41 Citationer (Scopus)

Regulating retrotransposon activity through the use of alternative transcription start sites

Persson, J., Steglich, B., Smialowska, A., Boyd, M., Lange, J. B., Andersson, R., Schurra, C., Arcangioli, B., Sandelin, A. G., Nielsen, O. & Ekwall, K., 1 maj 2016, I: E M B O Reports. 17, 5, s. 753-768 16 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

13 Citationer (Scopus)

83 Downloads (Pure)

Transcriptome analysis of recurrently deregulated genes across multiple cancers identifies new pan-cancer biomarkers

Kaczkowski, B., Tanaka, Y., Kawaji, H., Sandelin, A. G., Andersson, R., Itoh, M., Lassmann, T., the FANTOM5 consortium, Hayashizaki, Y., Carninci, P. & Forrest, A. R. R., 15 jan. 2016, I: Cancer Research. 76, 2, s. 216-226

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

44 Citationer (Scopus)

2015

A unified architecture of transcriptional regulatory elements

Andersson, R., Sandelin, A. G. & Danko, C. G., 1 aug. 2015, I: Trends in Genetics. 31, 8, s. 426-433 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

87 Citationer (Scopus)

Human gene promoters are intrinsically bidirectional

Andersson, R., Chen, Y., Core, L., Lis, J. T., Sandelin, A. G. & Jensen, T. H., 5 nov. 2015, I: Molecular Cell. 60, 3, s. 346-347 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › peer review

35 Citationer (Scopus)

Promoter or enhancer, what's the difference? Deconstruction of established distinctions and presentation of a unifying model

Andersson, R., 1 mar. 2015, I: BioEssays. 37, 3, s. 314-323 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

54 Citationer (Scopus)

Remodeling of retrotransposon elements during epigenetic induction of adult visual cortical plasticity by HDAC inhibitors

Lennartsson, A., Arner, E., Fagiolini, M., Saxena, A., Andersson, R., Takahashi, H., Noro, Y., Sng, J., Sandelin, A. G., Hensch, T. K. & Carninci, P., 14 dec. 2015, I: Epigenetics & Chromatin. 8, 15 s., 55.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

23 Citationer (Scopus)

210 Downloads (Pure)

The constrained maximal expression level owing to haploidy shapes gene content on the mammalian X chromosome

Hurst, L. D., Ghanbarian, A. T., Forrest, A. R. R., Huminiecki, L., Rehli, M., Kenneth Baillie, J., de Hoon, M. J. L., Haberle, V., Lassmann, T., Kulakovskiy, I. V., Lizio, M., Itoh, M., Andersson, R., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Schmeier, S., Bertin, N., Jørgensen, M., Dimont, E., Arner, E., & 243 flereSchmidl, C., Schaefer, U., Medvedeva, Y. A., Plessy, C., Vitezic, M., Severin, J., Semple, C. A., Ishizu, Y., Young, R. S., Francescatto, M., Alam, I., Albanese, D., Altschuler, G. M., Arakawa, T., Archer, J. A. C., Arner, P., Babina, M., Baker, S., Balwierz, P. J., Beckhouse, A. G., Pradhan, S. B., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Maxwell Burroughs, A., Califano, A., Cannistraci, C. V., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H. C., Dalla, E., Davis, C. A., Detmar, M., Diehl, A. D., Dohi, T., Drabløs, F., Edge, A. S. B., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Favorov, A. V., Fisher, M. E., Frith, M. C., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J. I., Geijtenbeek, T. B., Gibson, A., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Hitchens, K. J., Ho Sui, S. J., Hofmann, O. M., Hoof, I., Hori, F., Huminiecki, L., Iida, K., Ikawa, T., Jankovic, B. R., Jia, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori, M. K., Kasianov, A. S., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Kawashima, T., Kempfle, J. S., Kenna, T. J., Kere, J., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Peter Klinken, S., Knox, A. J., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kwon, A. T., Laros, J. F. J., Lee, W., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay, A. S., Manabe, R., Mar, J. C., Marchand, B., Mathelier, A., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., de Lima Morais, D. A., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C. L., Murata, M., Nagao, S. S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., van Nimwegen, E., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada, M. H., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Pain, A., Passier, R., Patrikakis, M., Persson, H., Piazza, S., Prendergast, J. G. D., Rackham, O. J. L., Ramilowski, J. A., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M. B., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J. W., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R. K., 't Hoen, P. A. C., Tagami, M., Takahashi, N., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., van de Wetering, M., van den Berg, L. M., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontsov, I. E., Wasserman, W. W., Watanabe, S., Wells, C. A., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Zabierowski, S. E., Zhang, P. G., Zhao, X., Zucchelli, S., Summers, K. M., Suzuki, H., Daub, C. O., Kawai, J., Heutink, P., Hide, W., Freeman, T. C., Lenhard, B., Bajic, V. B., Taylor, M. S., Makeev, V. J., Sandelin, A. G., Hume, D. A., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 2015, I: PLoS Biology. 13, 12, 48 s., e1002315.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

15 Citationer (Scopus)

129 Downloads (Pure)

The frequent evolutionary birth and death of functional promoters in mouse and human

Young, R. S., Hayashizaki, Y., Andersson, R., Sandelin, A. G., Kawaji, H., Itoh, M., Lassmann, T., Carninci, P., Bickmore, W. A., Forrest, A. R. & Taylor, M. S., 1 okt. 2015, I: Genome Research. 25, s. 1546-1557 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

25 Citationer (Scopus)

151 Downloads (Pure)

Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells

Arner, E., Daub, C. O., Vitting-Seerup, K., Andersson, R., Lilje, B., Drabløs, F., Lennartsson, A., Rönnerblad, M., Hrydziuszko, O., Vitezic, M., Freeman, T. C., Alhendi, A. M. N., Arner, P., Axton, R., Baillie, J. K., Beckhouse, A., Bodega, B., Briggs, J., Brombacher, F., Davis, M., & 89 flereDetmar, M., Ehrlund, A., Endoh, M., Eslami, A., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Faulkner, G. J., Ferrai, C., Fisher, M. E., Forrester, L., Goldowitz, D., Guler, R., Ha, T., Hara, M., Herlyn, M., Ikawa, T., Kai, C., Kawamoto, H., Khachigian, L. M., Klinken, S. P., Kojima, S., Koseki, H., Klein, S., Mejhert, N., Miyaguchi, K., Mizuno, Y., Morimoto, M., Morris, K. J., Mummery, C., Nakachi, Y., Ogishima, S., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D., Passier, R., Patrikakis, M., Pombo, A., Qin, X-Y., Roy, S., Sato, H., Savvi, S., Saxena, A., Schwegmann, A., Sugiyama, D., Swoboda, R., Tanaka, H., Tomoiu, A., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Yanagi-Mizuochi, C., Yoneda, M., Zabierowski, S., Zhang, P., Abugessaisa, I., Bertin, N., Diehl, A. D., Fukuda, S., Furuno, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hori, F., Ishikawa-Kato, S., Ishizu, Y., Itoh, M., Kawashima, T., Kojima, M., Kondo, N., Lizio, M., Meehan, T. F., Mungall, C. J., Murata, M., Nishiyori-Sueki, H., Sahin, S., Nagao-Sato, S., Severin, J., de Hoon, M. J. L., Kawai, J., Kasukawa, T., Lassmann, T., Suzuki, H., Kawaji, H., Summers, K. M., Wells, C., Hume, D. A., Forrest, A. R. R., Sandelin, A. G., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 27 feb. 2015, I: Science (New York, N.Y.). 347, 6225, s. 1010-1014 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

299 Citationer (Scopus)

2014

Analysis of the DNA methylome and transcriptome in granulopoiesis reveal timed changes and dynamic enhancer methylation

Rönnerblad, M., Andersson, R., Olofsson, T., Douagi, I., Karimi, M., Lehmann, S., Hoof, I., de Hoon, M., Itoh, M., Nagao-Sato, S., Kawaji, H., Lassmann, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., Forrest, A. R. R., Sandelin, A. G., Ekwall, K., Arner, E. & Lennartsson, A., 24 apr. 2014, I: Blood. 123, 17

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

52 Citationer (Scopus)

An atlas of active enhancers across human cell types and tissues

Andersson, R., Gebhard, C., Miguel-Escalada, I., Hoof, I., Lange, J. B., Boyd, M., Chen, Y., Zhao, X., Schmidl, C., Suzuki, T., Ntini, E., Arner, E., Valen, E., Li, K., Schwarzfischer, L., Glatz, D., Raithel, J., Lilje, B., Rapin, N., Bagger, F. O., & 30 flereJørgensen, M., Andersen, P. R., Bertin, N., Rackham, O., Burroughs, A. M., Baillie, J. K., Ishizu, Y., Shimizu, Y., Furuhata, E., Maeda, S., Negishi, Y., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Lassmann, T., Itoh, M., Kawaji, H., Kondo, N., Kawai, J., Lennartsson, A., Daub, C. O., Heutink, P., Hume, D. A., Jensen, T. H., Suzuki, H., Hayashizaki, Y., Mueller, F., Forrest, A. R. R., Carninci, P., Rehli, M. & Sandelin, A. G., 2014, I: Nature. 507, 7493, s. 455-461 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1216 Citationer (Scopus)

A promoter-level mammalian expression atlas

Forest, A. R. R., Kawaji, H., Rehli, M., Baillie, J. K., De Hoon, M. J. L., Haberle, V., Lassmann, T., Kulakovskiy, I. V., Lizio, M., Itoh, M., Andersson, R., Mungall, C. J., Meehan, T. F., Schmeier, S., Bertin, N., Jørgensen, M., Dimont, E., Arner, E., Schmidl, C., Schaefer, U., & 241 flereMedvedeva, Y. A., Plessy, C., Vitezic, M., Severin, J., Semple, C. A., Ishizu, Y., Young, R. S., Francescatto, M., Altschuler, I. A., Albanese, D., Altschule, G. M., Arakawa, T., Archer, J. A. C., Arner, P., Babina, M., Rennie, S., Balwierz, P. J., Beckhouse, A. G., Pradhan-Bhatt, S., Blake, J. A., Blumenthal, A., Bodega, B., Bonetti, A., Briggs, J., Brombacher, F., Burroughs, A. M., Califano, A., Cannistraci, C. V., Carbajo, D., Chen, Y., Chierici, M., Ciani, Y., Clevers, H. C., Dalla, E., Davis, C. A., Detmar, M., Diehl, A. D., Dohi, T., Drabløs, F., Edge, A. S. B., Edinger, M., Ekwall, K., Endoh, M., Enomoto, H., Fagiolini, M., Fairbairn, L., Fang, H., Farach-Carson, M. C., Faulkner, G. J., Favorov, A. V., Fisher, M. E., Frith, M. C., Fujita, R., Fukuda, S., Furlanello, C., Furuno, M., Furusawa, J. I., Geijtenbeek, T. B., Gibson, A. P., Gingeras, T., Goldowitz, D., Gough, J., Guhl, S., Guler, R., Gustincich, S., Ha, T. J., Hamaguchi, M., Hara, M., Harbers, M., Harshbarger, J., Hasegawa, A., Hasegawa, Y., Hashimoto, T., Herlyn, M., Hitchens, K. J., Sui, S. J. H., Hofmann, O. M., Hoof, I., Hori, F., Huminiecki, L., Iida, K., Ikawa, T., Jankovic, B. R., Jia, H., Joshi, A., Jurman, G., Kaczkowski, B., Kai, C., Kaida, K., Kaiho, A., Kajiyama, K., Kanamori-Katayama, M., Kasianov, A. S., Kasukawa, T., Katayama, S., Kato, S., Kawaguchi, S., Kawamoto, H., Kawamura, Y. I., Kawashima, T., Kempfle, J. S., Kenna, T. J., Kere, J., Khachigian, L. M., Kitamura, T., Klinken, S. P., Knox, A. J., Kojima, M., Kojima, S., Kondo, N., Koseki, H., Koyasu, S., Krampitz, S., Kubosaki, A., Kwon, A. T., Laros, J. F. J., Lee, W., Lennartsson, A., Li, K., Lilje, B., Lipovich, L., Mackay-sim, A., Manabe, R. I., Mar, J. C., Marchand, B., Mathelier, A., Mejhert, N., Meynert, A., Mizuno, Y., De Morais, D. A. L., Morikawa, H., Morimoto, M., Moro, K., Motakis, E., Motohashi, H., Mummery, C. L., Murata, M., Nagao-Sato, S., Nakachi, Y., Nakahara, F., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakazato, K., Van Nimwegen, E., Ninomiya, N., Nishiyori, H., Noma, S., Nozaki, T., Ogishima, S., Ohkura, N., Ohmiya, H., Ohno, H., Ohshima, M., Okada-Hatakeyama, M., Okazaki, Y., Orlando, V., Ovchinnikov, D. A., Pain, A., Passier, R., Patrikakis, M., Persson, H., Piazza, S., Prendergast, J. G. D., Rackham, O. J. L., Ramilowski, J. A., Rashid, M., Ravasi, T., Rizzu, P., Roncador, M., Roy, S., Rye, M. B., Saijyo, E., Sajantila, A., Saka, A., Sakaguchi, S., Sakai, M., Sato, H., Satoh, H., Savvi, S., Saxena, A., Schneider, C., Schultes, E. A., Schulze-Tanzil, G. G., Schwegmann, A., Sengstag, T., Sheng, G., Shimoji, H., Shimoni, Y., Shin, J. W., Simon, C., Sugiyama, D., Sugiyama, T., Suzuki, M., Suzuki, N., Swoboda, R. K., 'T Hoen, P. A. C., Tagami, M., Tagami, N. T., Takai, J., Tanaka, H., Tatsukawa, H., Tatum, Z., Thompson, M., Toyoda, H., Toyoda, T., Valen, E., Van De Wetering, M., Van Den Berg, L. M., Verardo, R., Vijayan, D., Vorontsov, I. E., Wasserman, W. W., Watanabe, S., Wells, C. A., Winteringham, L. N., Wolvetang, E., Wood, E. J., Yamaguchi, Y., Yamamoto, M., Yoneda, M., Yonekura, Y., Yoshida, S., Zabierowski, S. E., Zhang, P. G., Zhao, X., Zucchelli, S., Summers, K. M., Suzuki, H., Daub, C. O., Kawai, J., Heutink, P., Hide, W., Freeman, T. C., Lenhard, B., Bajic, L. V. B., Taylor, M. S., Makeev, V. J., Sandelin, A. G., Hume, D. A., Carninci, P. & Hayashizaki, Y., 1 jan. 2014, I: Nature. 507, 7493, s. 462-470 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1011 Citationer (Scopus)

CAGE-defined promoter regions of the genes implicated in Rett Syndrome

Vitezic, M., Bertin, N., Andersson, R., Lipovich, L., Kawaji, H., Lassmann, T., Sandelin, A. G., Heutink, P., Goldowitz, D., Ha, T., Zhang, P., Patrizi, A., Fagiolini, M., Forrest, A. R., Carninci, P. & Saxena, A., 24 dec. 2014, I: BMC Genomics. 15, 16 s., 1177.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

913 Downloads (Pure)

Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance

Fort, A., Hashimoto, K., Yamada, D., Salimullah, M., Keya, C. A., Saxena, A., Bonetti, A., Voineagu, I., Bertin, N., Kratz, A., Noro, Y., Wong, C-H., de Hoon, M., Andersson, R., Sandelin, A. G., Suzuki, H., Wei, C-L., Koseki, H., Hasegawa, Y., Forrest, A. R. R., & 2 flereCarninci, P. & FANTOM Consortium, jun. 2014, I: Nature Genetics. 46, 6, s. 558-566 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

174 Citationer (Scopus)

Genome-wide nucleosome map and cytosine methylation levels of an ancient human genome

Pedersen, J. S., Valen, E., Velazquez, A. M. V., Parker, B. J., Rasmussen, M., Lindgreen, S., Lilje, B., Tobin, D. J., Kelly, T. K., Vang, S., Andersson, R., Jones, P. A., Hoover, C. A., Tikhonov, A., Prokhortchouk, E., Rubin, E. M., Sandelin, A. G., Gilbert, M. T. P., Krogh, A., Willerslev, E., & 1 flereOrlando, L. A. A., mar. 2014, I: Genome Research. 24, 3, s. 454-466 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

90 Citationer (Scopus)

274 Downloads (Pure)

Identification of TNF-α-responsive promoters and enhancers in the intestinal epithelial cell model Caco-2

Boyd, M., Coskun, M., Lilje, B., Andersson, R., Hoof, I., Lange, J. B., Dahlgaard, K., Olsen, J., Vitezic, M., Bjerrum, J. T., Seidelin, J. B., Nielsen, O. H., Troelsen, J. & Sandelin, A. G., 1 dec. 2014, I: D N A Research. 21, 6, s. 569-583 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

9 Citationer (Scopus)

1750 Downloads (Pure)

Nuclear stability and transcriptional directionality separate functionally distinct RNA species

Andersson, R., Refsing Andersen, P., Valen, E., Core, L. J., Lange, J. B., Boyd, M., Jensen, T. H. & Sandelin, A. G., 2014, I: Nature Communications. 5, 10 s., 5336.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

88 Citationer (Scopus)

Transcriptional profiling of the human fibrillin/LTBP gene family, key regulators of mesenchymal cell functions

Davis, M. R., Andersson, R., Severin, J., de Hoon, M., Bertin, N., Baillie, J. K., Kawaji, H., Sandelin, A. G., Forrest, A. R. R. & Summers, K. M., maj 2014, I: Molecular Genetics and Metabolism. 112, 3, s. 73-83 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

19 Citationer (Scopus)

2013

Polyadenylation site-induced decay of upstream transcripts enforces promoter directionality

Ntini, E., Järvelin, A. I., Lange, J. B., Chen, Y., Boyd, M., Jørgensen, M., Andersson, R., Hoof, I., Schein, A., Andersen, P. R., Andersen, P. K., Preker, P., Valen, E., Zhao, X., Pelechano, V., Steinmetz, L. M., Sandelin, A. G. & Jensen, T. H., aug. 2013, I: Nature Structural and Molecular Biology. 20, s. 923-928 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

171 Citationer (Scopus)

2012

A strand specific high resolution normalization method for chip-sequencing data employing multiple experimental control measurements.

Enroth, S., Andersson, C., Andersson, R., Wadelius, C., Gustafsson, M. & Komorowski, J., 16 jan. 2012, I: Algorithms for Molecular Biology. 7, 1, s. 2 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

4 Citationer (Scopus)

981 Downloads (Pure)

2011

Cancer associated epigenetic transitions identified by genome-wide histone methylation binding profiles in human colorectal cancer samples and paired normal mucosa

Enroth, S., Rada-Iglesisas, A., Andersson, R., Wallerman, O., Wanders, A., Påhlman, L., Komorowski, J. & Wadelius, C., 19 okt. 2011, I: B M C Cancer. 11, 13 s., 450.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

27 Citationer (Scopus)

1248 Downloads (Pure)

2010

Frequent genetic differences between matched primary and metastatic breast cancer provide an approach to identification of biomarkers for disease progression

Popławski, A. B., Jankowski, M., Erickson, S. W., Díaz de Ståhl, T., Partridge, E. C., Crasto, C., Guo, J., Gibson, J., Menzel, U., Bruder, C. E., Kaczmarczyk, A., Benetkiewicz, M., Andersson, R., Sandgren, J., Zegarska, B., Bała, D., Srutek, E., Allison, D. B., Piotrowski, A., Zegarski, W., & 1 flereDumanski, J. P., maj 2010, I: European Journal of Human Genetics. 18, 5, s. 560-8 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

43 Citationer (Scopus)

Integrative epigenomic and genomic analysis of malignant pheochromocytoma

Sandgren, J., Andersson, R., Rada-Iglesias, A., Enroth, S., Akerstrom, G., Dumanski, J. P., Komorowski, J., Westin, G. & Wadelius, C., 31 jul. 2010, I: Experimental & Molecular Medicine. 42, 7, s. 484-502 19 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

23 Citationer (Scopus)

Recurrent genomic alterations in benign and malignant pheochromocytomas and paragangliomas revealed by whole-genome array comparative genomic hybridization analysis

Sandgren, J., Diaz de Ståhl, T., Andersson, R., Menzel, U., Piotrowski, A., Nord, H., Bäckdahl, M., Kiss, N. B., Brauckhoff, M., Komorowski, J., Dralle, H., Hessman, O., Larsson, C., Akerström, G., Bruder, C., Dumanski, J. P. & Westin, G., sep. 2010, I: Endocrine - Related Cancer. 17, 3, s. 561-79 19 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

26 Citationer (Scopus)

SICTIN: Rapid footprinting of massively parallel sequencing data

Enroth, S., Andersson, R., Wadelius, C. & Komorowski, J., 2010, I: BioData Mining. 3, 1, s. 4

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

9 Citationer (Scopus)

2009

Characterization of novel and complex genomic aberrations in glioblastoma using a 32K BAC array

Nord, H., Hartmann, C., Andersson, R., Menzel, U., Pfeifer, S., Piotrowski, A., Bogdan, A., Kloc, W., Sandgren, J., Olofsson, T., Hesselager, G., Blomquist, E., Komorowski, J., von Deimling, A., Bruder, C. E. G., Dumanski, J. P. & Díaz de Ståhl, T., dec. 2009, I: Neuro-Oncology. 11, 6, s. 803-18 16 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

31 Citationer (Scopus)

Genome-wide high-resolution analysis of DNA copy number alterations in NF1-associated malignant peripheral nerve sheath tumors using 32K BAC array

Mantripragada, K. K., Díaz de Ståhl, T., Patridge, C., Menzel, U., Andersson, R., Chuzhanova, N., Kluwe, L., Guha, A., Mautner, V., Dumanski, J. P. & Upadhyaya, M., okt. 2009, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 48, 10, s. 897-907 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

41 Citationer (Scopus)

Histone H3 lysine 27 trimethylation in adult differentiated colon associated to cancer DNA hypermethylation

Rada-Iglesias, A., Enroth, S., Andersson, R., Wanders, A., Påhlman, L., Komorowski, J. & Wadelius, C., 16 feb. 2009, I: Epigenetics : official journal of the DNA Methylation Society. 4, 2, s. 107-13 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

21 Citationer (Scopus)

Nucleosomes are well positioned in exons and carry characteristic histone modifications

Andersson, R., Enroth, S., Rada-Iglesias, A., Wadelius, C. & Komorowski, J., okt. 2009, I: Genome Research. 19, 10, s. 1732-41 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

230 Citationer (Scopus)

Using multi-data hidden Markov models trained on local neighborhoods of protein structure to predict residue-residue contacts

Björkholm, P., Daniluk, P., Kryshtafovych, A., Fidelis, K., Andersson, R. & Hvidsten, T. R., 15 maj 2009, I: Bioinformatics (Online). 25, 10, s. 1264-70 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

28 Citationer (Scopus)

2008

A segmental maximum a posteriori approach to genome-wide copy number profiling

Andersson, R., Bruder, C. E. G., Piotrowski, A., Menzel, U., Nord, H., Sandgren, J., Hvidsten, T. R., Diaz de Ståhl, T., Dumanski, J. P. & Komorowski, J., 15 mar. 2008, I: Bioinformatics (Online). 24, 6, s. 751-8 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

27 Citationer (Scopus)

Phenotypically concordant and discordant monozygotic twins display different DNA copy-number-variation profiles

Bruder, C. E. G., Piotrowski, A., Gijsbers, A. A. C. J., Andersson, R., Erickson, S., Diaz de Ståhl, T., Menzel, U., Sandgren, J., von Tell, D., Poplawski, A., Crowley, M., Crasto, C., Partridge, E. C., Tiwari, H., Allison, D. B., Komorowski, J., van Ommen, G-J. B., Boomsma, D. I., Pedersen, N. L., den Dunnen, J. T., & 2 flereWirdefeldt, K. & Dumanski, J. P., mar. 2008, I: American Journal of Human Genetics. 82, 3, s. 763-71 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

387 Citationer (Scopus)

Profiling of copy number variations (CNVs) in healthy individuals from three ethnic groups using a human genome 32 K BAC-clone-based array

Díaz de Ståhl, T., Sandgren, J., Piotrowski, A., Nord, H., Andersson, R., Menzel, U., Bogdan, A., Thuresson, A-C., Poplawski, A., von Tell, D., Hansson, C. M., Elshafie, A. I., Elghazali, G., Imreh, S., Nordenskjöld, M., Upadhyaya, M., Komorowski, J., Bruder, C. E. G. & Dumanski, J. P., mar. 2008, I: Human Mutation. 29, 3, s. 398-408 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

43 Citationer (Scopus)

Somatic mosaicism for copy number variation in differentiated human tissues

Piotrowski, A., Bruder, C. E. G., Andersson, R., Diaz de Ståhl, T., Menzel, U., Sandgren, J., Poplawski, A., von Tell, D., Crasto, C., Bogdan, A., Bartoszewski, R., Bebok, Z., Krzyzanowski, M., Jankowski, Z., Partridge, E. C., Komorowski, J. & Dumanski, J. P., sep. 2008, I: Human Mutation. 29, 9, s. 1118-24 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

160 Citationer (Scopus)

2007

A previously unrecognized microdeletion syndrome on chromosome 22 band q11.2 encompassing the BCR gene

Mikhail, F. M., Descartes, M., Piotrowski, A., Andersson, R., Diaz de Ståhl, T., Komorowski, J., Bruder, C. E. G., Dumanski, J. P. & Carroll, A. J., 15 sep. 2007, I: American Journal of Medical Genetics. Part A. 143A, 18, s. 2178-84 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

37 Citationer (Scopus)

Robin Andersson

Publikation

Søgeresultater