Disease Systems Biology Program

2017

Transcriptome and metabolite changes during hydrogen cyanamide-induced floral bud break in sweet cherry

Ionescu, I. A., Lopez-Ortega, G., Burow, M., Bayo-Canha, A., Junge, A., Gericke, O., Møller, B. L. & Sánchez Pérez, R., 17 jul. 2017, I: Frontiers in Plant Science. 8, 17 s., 1233.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

38 Citationer (Scopus)

75 Downloads (Pure)

2016

A genomic history of aboriginal Australia

Malaspinas, A. S., Westaway, M. C., Muller, C. E., Sousa, V. C., Lao, O., Alves, I., Bergström, A., Athanasiadis, G., Cheng, J. Y., Crawford, J. E., Heupink, T. H., Macholdt, E., Peischl, S., Rasmussen, S., Schiffels, S., Subramanian, S., Wright, J. L., Albrechtsen, A., Barbieri, C., Dupanloup, I., & 55 flereEriksson, A., Margaryan, A., Moltke, I., Pugach, I., Korneliussen, T. S., Levkivskyi, I. P., Moreno Mayar, J. V., Ni, S., Racimo, F., Sikora, M., Xue, Y., Aghakhanian, F. A., Brucato, N., Brunak, S., Campos, P., Clark, W., Ellingvåg, S., Fourmile, G., Gerbault, P., Injie, D., Koki, G., Leavesley, M., Logan, B., Lynch, A., Matisoo-Smith, E. A., McAllister, P. J., Mentzer, A. J., Metspalu, M., Migliano, A. B., Murgha, L., Phipps, M. E., Pomat, W., Reynolds, D., Ricaut, F-X., Siba, P., Thomas, M. G., Wales, T., Wall, C. M., Oppenheimer, S. J., Tyler-Smith, C., Durbin, R., Dortch, J., Manica, A., Schierup, M. H., Foley, R. A., Lahr, M. M., Bowern, C., Wall, J. D., Mailund, T., Stoneking, M., Nielsen, R., Sandhu, M. S., Excoffier, L., Lambert, D. M. & Willerslev, E., 2016, I: Nature. 538, 7624, s. 207-214 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

186 Citationer (Scopus)

Analysis of five chronic inflammatory diseases identifies 27 new associations and highlights disease-specific patterns at shared loci

Ellinghaus, D., Jostins, L., Spain, S. L., Cortes, A., Bethune, J., Han, B., Park, Y. R., Raychaudhuri, S., Pouget, J. G., Hübenthal, M., Folseraas, T., Wang, Y., Esko, T., Metspalu, A., Westra, H-J., Franke, L., Pers, T. H., Weersma, R. K., Collij, V., D'Amato, M., & 26 flereHalfvarson, J., Jensen, A. B., Lieb, W., Degenhardt, F., Forstner, A. J., Hofmann, A., Schreiber, S., Mrowietz, U., Juran, B. D., Lazaridis, K. N., Brunak, S., Dale, A. M., Trembath, R. C., Weidinger, S., Weichenthal, M., Ellinghaus, E., Elder, J. T., Barker, J. N. W. N., Andreassen, O. A., McGovern, D. P., Karlsen, T. H., Barrett, J. C., Parkes, M., Brown, M. A., Franke, A. & International IBD Genetics Consortium (IIBDGC), 1 maj 2016, I: Nature Genetics. 48, 5, s. 510-521 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

292 Citationer (Scopus)

A scored human protein-protein interaction network to catalyze genomic interpretation

Li, T., Wernersson, R., Hansen, R. B., Horn, H., Mercer, J., Slodkowicz, G., Workman, C. T., Rigina, O., Rapacki, K., Stærfeldt, H. H., Brunak, S., Jensen, T. S. & Hansen, K. L., 29 dec. 2016, I: Nature Methods. 14, 1, s. 61–64

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › peer review

191 Citationer (Scopus)

ChemProt-3.0: a global chemical biology diseases mapping

Kringelum, J. V., Kjærulff, S. K., Brunak, S., Lund, O., Oprea, T. I. & Taboureau, O. T., 2016, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016, 7 s., bav123.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

45 Citationer (Scopus)

131 Downloads (Pure)

Diagnosis trajectories of prior multi-morbidity predict sepsis mortality

Beck, M. K., Jensen, A. B., Nielsen, A. B., Perner, A., Moseley, P. L. & Brunak, S., 4 nov. 2016, I: Scientific Reports. 6, 9 s., 36624.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

38 Citationer (Scopus)

Discovering miRNA regulatory networks in holt-oram syndrome using a zebrafish model

D'Aurizio, R., Russo, F., Chiavacci, E., Baumgart, M., Groth, M., D'Onofrio, M., Arisi, I., Rainaldi, G., Pitto, L. & Pellegrini, M., 14 jul. 2016, I: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 4, JUL, 60.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences

Huerta-Cepas, J., Szklarczyk, D., Forslund, K., Cook, H., Heller, D., Walter, M. C., Rattei, T., Mende, D. R., Sunagawa, S., Kuhn, M., Jensen, L. J., von Mering, C. & Bork, P., 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D286-93

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

946 Citationer (Scopus)

EXTRACT: interactive extraction of environment metadata and term suggestion for metagenomic sample annotation

Pafilis, E., Buttigieg, P. L., Ferrell, B., Pereira, E., Schnetzer, J., Arvanitidis, C. & Jensen, L. J., 2016, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016, 7 s., baw005.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

15 Citationer (Scopus)

Familial Atrial Septal Defect and Sudden Cardiac Death: Identification of a Novel NKX2-5 Mutation and a Review of the Literature

Ellesøe, S. G., Johansen, M. M., Bjerre, J. V., Hjortdal, V. E., Brunak, S. & Larsen, L. A., 1 maj 2016, I: Congenital Heart Disease. 11, 3, s. 283–290 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

40 Citationer (Scopus)

From Phosphosites to Kinases

Munk, S., Refsgaard, J. C., Olsen, J. V. & Jensen, L. J., 1 jan. 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). Springer, Bind 1355. s. 307-21 15 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

Genetic Correlation between Body Fat Percentage and Cardiorespiratory Fitness Suggests Common Genetic Etiology

Schnurr, T. M., Gjesing, A. M. P., Sandholt, C. H., Jonsson, A. E., Mahendran, Y., Have, C. T., Ekstrøm, C. T., Bjerregaard, A-L., Brage, S., Witte, D., Jørgensen, M. E., Aadahl, M., Thuesen, B. H., Linneberg, A. R., Eiberg, H. R. L., Pedersen, O. B., Grarup, N., Oskari Kilpeläinen, T. & Hansen, T., 15 nov. 2016, I: P L o S One. 11, 11, 14 s., e0166738.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

7 Citationer (Scopus)

171 Downloads (Pure)

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition).

Moseley, P. L., 2016, I: Autophagy.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

High-throughput immuno-profiling of mamba (Dendroaspis) venom toxin epitopes using high-density peptide microarrays

Engmark, M., Andersen, M. R., Laustsen, A. H., Patel, J., Sullivan, E., de Masi, F., Hansen, C. S., Kringelum, J. V., Lomonte, B., Gutiérrez, J. M. & Lund, O., 8 nov. 2016, I: Scientific Reports. 6, 14 s., 36629.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

24 Citationer (Scopus)

How Suitable Are Registry Data for Recurrence Risk Calculations? Validation of Diagnoses on 1,593 Families With Congenital Heart Disease

Ellesøe, S. G., Jensen, A. B., Ängquist, L. H., Hjortdal, V. E., Larsen, L. A. & Brunak, S., 1 mar. 2016, I: World journal for pediatric & congenital heart surgery. 7, 2, s. 169-77 9 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity

Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Nielsen, H. B., Hyotylainen, T., Nielsen, T., Jensen, B. A. H., Forslund, K., Hildebrand, F., Prifti, E., Falony, G., Le Chatelier, E., Levenez, F., Doré, J., Mattila, I., Plichta, D. R., Pöhö, P., Hellgren, L. I., Arumugam, M., Sunagawa, S., Vieira-Silva, S., & 14 flereJørgensen, T., Holm, J. B., Trošt, K., Kristiansen, K., Brix, S., Raes, J., Wang, J., Hansen, T., Bork, P., Brunak, S., Oresic, M., Ehrlich, S. D., Pedersen, O. B. & MetaHIT Consortium, 13 jul. 2016, I: Nature. 535, 7612, s. 376-381 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

699 Citationer (Scopus)

Identification of known and novel recurrent viral sequences in data from multiple patients and multiple cancers

Friis-Nielsen, J., Kjartansdóttir, K. R., Mollerup, S., Asplund, M., Mourier, T., Jensen, R. H., Hansen, T. A., Rey de la Iglesia, A., Richter, S. R., Nielsen, I. B., Alquezar Planas, D. E., Olsen, P. V. S., Vinner, L., Fridholm, E. M. H., Nielsen, L. P., Willerslev, E., Sicheritz-Pontén, T., Lund, O., Hansen, A. J., Izarzugaza, J. M. G., & 1 flereBrunak, S., 1 feb. 2016, I: Viruses. 8, 2, 16 s., 53.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

8 Citationer (Scopus)

114 Downloads (Pure)

Increasing insulin resistance accentuates the effect of triglyceride-associated loci on serum triglycerides during 5 years

Justesen, J. M., Andersson, E. A., Allin, K. H., Sandholt, C. H., Jørgensen, T., Linneberg, A., Jørgensen, M. E., Hansen, T., Pedersen, O. & Grarup, N., dec. 2016, I: Journal of Lipid Research. 57, 12, s. 2193-2199 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

In Silico Systems Pharmacology to Assess Drug's Therapeutic and Toxic Effects

Orozco, A. A., Audouze, K., Brunak, S. & Taboureau, O., 1 dec. 2016, I: Current Pharmaceutical Design. 22, 46, s. 6895-6902 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

47 Downloads (Pure)

Intestinal epithelial barrier function and tight junction proteins with heat and exercise

Dokladny, K., Zuhl, M. N. & Moseley, P. L., 15 mar. 2016, I: Journal of Applied Physiology. 120, 6, s. 692-701 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

100 Citationer (Scopus)

KinMutRF: a random forest classifier of sequence variants in the human protein kinase superfamily

Pons, T., Vazquez, M., Matey-Hernandez, M. L., Brunak, S., Valencia, A. & Izarzugaza, J. M., 23 jun. 2016, I: BMC Genomics. 17, Suppl 2, 11 s., 396.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

7 Citationer (Scopus)

Metaproteomics of saliva identifies human protein markers specific for individuals with periodontitis and dental caries compared to orally healthy controls

Belstrøm, D., Jersie-Christensen, R. R., Lyon, D., Damgaard, C., Jensen, L. J., Holmstrup, P. & Olsen, J. V., 2016, I: PeerJ. 4, 17 s., e2433.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

36 Citationer (Scopus)

139 Downloads (Pure)

Methods for the identification of PTEN-targeting microRNAs

Tuccoli, A., Vitiello, M., Marranci, A., Russo, F. & Poliseno, L., 1 jan. 2016, Methods in Molecular Biology. Humana Press, s. 111-138 28 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1388).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Network biology concepts in complex disease comorbidities

Hu, J. X., Thomas, C. E. & Brunak, S., 1 okt. 2016, I: Nature Reviews. Genetics. 17, s. 615–629

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › peer review

137 Citationer (Scopus)

One tagger, many uses: Illustrating the power of ontologies in dictionary-based named entity recognition

Jensen, L. J., 2016, I: CEUR Workshop Proceedings. 1747, 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › peer review

64 Downloads (Pure)

Overview of the interactive task in BioCreative V

Wang, Q., S Abdul, S., Almeida, L., Ananiadou, S., Balderas-Martínez, Y. I., Batista-Navarro, R., Campos, D., Chilton, L., Chou, H-J., Contreras, G., Cooper, L., Dai, H-J., Ferrell, B., Fluck, J., Gama-Castro, S., George, N., Gkoutos, G., Irin, A. K., Jensen, L. J., Jimenez, S., & 36 flereJue, T. R., Keseler, I., Madan, S., Matos, S., McQuilton, P., Milacic, M., Mort, M., Natarajan, J., Pafilis, E., Pereira, E., Rao, S., Rinaldi, F., Rothfels, K., Salgado, D., Silva, R. M., Singh, O., Stefancsik, R., Su, C-H., Subramani, S., Tadepally, H. D., Tsaprouni, L., Vasilevsky, N., Wang, X., Chatr-Aryamontri, A., Laulederkind, S. J. F., Matis-Mitchell, S., McEntyre, J., Orchard, S., Pundir, S., Rodriguez-Esteban, R., Van Auken, K., Lu, Z., Schaeffer, M., Wu, C. H., Hirschman, L. & Arighi, C. N., 2016, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2016, 18 s., baw119.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

22 Citationer (Scopus)

Propionibacterium acnes: disease-causing agent or common contaminant? Detection in diverse patient samples by next-generation sequencing

Mollerup, S., Friis-Nielsen, J., Vinner, L., Hansen, T. A., Richter, S. R., Fridholm, E. M. H., Herrera, J. A. R., Lund, O., Brunak, S., Izarzugaza, J. M. G., Mourier, T., Nielsen, L. P. & Hansen, A. J., apr. 2016, I: Journal of Clinical Microbiology. 54, 4, s. 980-987 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

46 Citationer (Scopus)

90 Downloads (Pure)

Proteome-wide analysis of arginine monomethylation reveals widespread occurrence in human cells

Larsen, S. C., Sylvestersen, K. B., Mund, A., Lyon, D., Mullari, M., Madsen, M. V., Daniel, J. A., Jensen, L. J. & Nielsen, M. L., 30 aug. 2016, I: Science Signaling. 9, 443, 14 s., rs9.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

130 Citationer (Scopus)

Ranking factors involved in diabetes remission after bariatric surgery using machine-learning integrating clinical and genomic biomarkers

Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Pedersen, M. K., Brorsson, C., Brunak, S. & Gupta, R., 26 okt. 2016, I: npj Genomic Medicine. 1, 16035.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

83 Downloads (Pure)

Reduced Hsp70 and Glutamine in Pediatric Severe Malaria Anemia: Role of Hemozoin in Suppressing Hsp70 and NF-κB activation

Kempaiah, P., Dokladny, K., Karim, Z., Raballah, E., Ong'echa, J. M., Moseley, P. L. & Perkins, D. J., 2016, I: Molecular Medicine. 22, s. 570-584 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

Roux-en-Y gastric bypass surgery of morbidly obese patients induces swift and persistent changes of the individual gut microbiota

Palleja, A., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Zhang, C., Li, Y., Brach, T., Liang, S., Feng, Q., Jørgensen, N. B., Bojsen-Møller, K. N., Dirksen, C., Burgdorf, K. S., Holst, J. J., Madsbad, S., Wang, J., Pedersen, O. B., Hansen, T. & Arumugam, M., 15 jun. 2016, I: Genome Medicine. 8, 13 s., 67.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

137 Citationer (Scopus)

196 Downloads (Pure)

Search Databases and Statistics: Pitfalls and Best Practices in Phosphoproteomics

Refsgaard, J. C., Munk, S. & Jensen, L. J., 1 jan. 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). Springer Publishing Company, Bind 1355. s. 323-39 17 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Selective use of corifollitropin for controlled ovarian stimulation for IVF in patients with low anti-Müllerian hormone

Nielsen, A. P., Korsholm, A-S., Lemmen, J. G., Lykke-Sylvest, R., Sopa, N. & Nyboe Andersen, A., 2 aug. 2016, I: Gynecological Endocrinology. 32, 8, s. 625–628 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Seqenv: linking sequences to environments through text mining

Sinclair, L., Ijaz, U. Z., Jensen, L. J., Coolen, M. J. L., Gubry-Rangin, C., Chroňáková, A., Oulas, A., Pavloudi, C., Schnetzer, J., Weimann, A., Ijaz, A., Eiler, A., Quince, C. & Pafilis, E., 20 dec. 2016, I: PeerJ. 4, s. 1-17 17 s., e2690.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

14 Citationer (Scopus)

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

Altenhoff, A. M., Boeckmann, B., Capella-Gutierrez, S., Dalquen, D. A., DeLuca, T., Forslund, K., Huerta-Cepas, J., Linard, B., Pereira, C., Pryszcz, L. P., Schreiber, F., da Silva, A. S., Szklarczyk, D., Train, C-M., Bork, P., Lecompte, O., von Mering, C., Xenarios, I., Sjölander, K., Jensen, L. J., & 8 flereMartin, M. J., Muffato, M., Gabaldón, T., Lewis, S. E., Thomas, P. D., Sonnhammer, E., Dessimoz, C. & Quest for Orthologs consortium, 1 maj 2016, I: Nature Methods. 13, s. 425-30 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

100 Citationer (Scopus)

51 Downloads (Pure)

STITCH 5: augmenting protein-chemical interaction networks with tissue and affinity data

Szklarczyk, D., Santos Delgado, A., von Mering, C., Jensen, L. J., Bork, P. & Kuhn, M., 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D380-84 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

412 Citationer (Scopus)

SVD-phy: improved prediction of protein functional associations through singular value decomposition of phylogenetic profiles

Franceschini, A., Lin, J., von Mering, C. & Jensen, L. J., 1 apr. 2016, I: Bioinformatics. 32, 7, s. 1085-7 3 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

40 Citationer (Scopus)

TEMPORAL ORDER OF DISEASE PAIRS AFFECTS SUBSEQUENT DISEASE TRAJECTORIES: THE CASE OF DIABETES AND SLEEP APNEA

Beck, M. K., Westergaard, D., Jensen, A. B., Groop, L. & Brunak, S., 2016, I: Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. 22, s. 380-389 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › peer review

8 Citationer (Scopus)

The effect of insulin resistance and exercise on the percentage of CD16(+) monocyte subset in obese individuals

de Matos, M. A., Duarte, T. C., Ottone, V. D. O., Sampaio, P. F. D. M., Costa, K. B., de Oliveira, M. F. A., Moseley, P. L., Schneider, S. M., Coimbra, C. C., Brito-Melo, G. E. A., Magalhães, F. D. C., Amorim, F. T. & Rocha-Vieira, E., 1 jun. 2016, I: Cell Biochemistry and Function. 34, 4, s. 209-16 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

The hunt for fatal myocardial infarction biomarkers: predictive circulating microRNAs

Russo, F., Rizzo, M., Belling, K., Brunak, S. & Folkersen, L., okt. 2016, I: Journal of Translational Medicine. 4, Suppl 1, 4 s., S1.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder

The SIDER database of drugs and side effects

Kuhn, M., Letunic, I., Jensen, L. J. & Bork, P., 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, s. D1075-9

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

384 Citationer (Scopus)

Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources

Ison, J., Rapacki, K., Ménager, H., Kalaš, M., Rydza, E., Chmura, P., Anthon, C., Beard, N., Berka, K., Bolser, D., Booth, T., Bretaudeau, A., Brezovsky, J., Casadio, R., Cesareni, G., Coppens, F., Cornell, M., Cuccuru, G., Davidsen, K., Vedova, G. D., & 49 flereDogan, T., Doppelt-Azeroual, O., Emery, L., Gasteiger, E., Gatter, T., Goldberg, T., Grosjean, M., Grüning, B., Helmer-Citterich, M., Ienasescu, H-I., Ioannidis, V., Jespersen, M. C., Jimenez, R., Juty, N., Juvan, P., Koch, M., Laibe, C., Li, J-W., Licata, L., Mareuil, F., Mičetić, I., Friborg, R. M., Moretti, S., Morris, C., Möller, S., Nenadic, A., Peterson, H., Profiti, G., Rice, P., Romano, P., Roncaglia, P., Saidi, R., Schafferhans, A., Schwämmle, V., Smith, C., Sperotto, M. M., Stockinger, H., Vařeková, R. S., Tosatto, S. C. E., de la Torre, V., Uva, P., Via, A., Yachdav, G., Zambelli, F., Vriend, G., Rost, B., Parkinson, H., Løngreen, P. & Brunak, S., 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D38-D47 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

73 Citationer (Scopus)

58 Downloads (Pure)

Transcriptional interactions suggest niche segregation among microorganisms in the human gut

Plichta, D. R., Juncker, A. S., Bertalan, M., Rettedal, E., Gautier, L., Varela, E., Manichanh, C., Fouqueray, C., Levenez, F., Nielsen, T., Doré, J., Machado, A. M. D., de Evgrafov, M. C. R., Hansen, T., Jørgensen, T., Bork, P., Guarner, F., Pedersen, O., Metagenomics of the Human Intestinal Tract (MetaHIT) Consortium, Sommer, M. O. A., & 4 flereEhrlich, S. D., Sicheritz-Pontén, T., Brunak, S. & Nielsen, H. B., 26 aug. 2016, I: Nature Microbiology. 1, s. 1-6 6 s., 16152.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › peer review

29 Citationer (Scopus)

wKinMut-2: Identification and Interpretation of Pathogenic Variants in Human Protein Kinases

Vazquez, M., Pons, T., Brunak, S., Valencia, A. & Izarzugaza, J. M. G., 1 jan. 2016, I: Human Mutation. 37, 1, s. 36-42 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

2015

Acetylation site specificities of lysine deacetylase inhibitors in human cells

Schölz, C., Weinert, B. T., Wagner, S. A., Beli, P., Miyake, Y., Qi, J., Jensen, L. J., Streicher, W., McCarthy, A. R., Westwood, N. J., Lain, S., Cox, J., Matthias, P., Mann, M., Bradner, J. E. & Choudhary, C. R., 1 apr. 2015, I: Nature Biotechnology. 33, s. 415–423

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

159 Citationer (Scopus)

A computational method for identification of vaccine targets from protein regions of conserved human leukocyte antigen binding

Olsen, L. R., Simon, C., Kudahl, U. J., Bagger, F. O., Winther, O., Reinherz, E. L., Zhang, G. L. & Brusic, V., 2015, I: B M C Medical Genomics. 8, Suppl 4, 6 s., 5.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

85 Downloads (Pure)

Acquisition of docetaxel resistance in breast cancer cells reveals upregulation of ABCB1 expression as a key mediator of resistance accompanied by discrete upregulation of other specific genes and pathways

Hansen, S. N., Westergaard, D., Thomsen, M. B. H., Vistesen, M. V., Do, K. N., Fogh, L., Belling, K. G., Wang, J., Yang, H., Gupta, R., Ditzel, H. J., Moreira, J., Brünner, N., Stenvang, J. & Rasmussen, A-S. S., 11 jun. 2015, I: Tumor Biology. 36, 6, s. 4327-4338 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

25 Citationer (Scopus)

A new method for discovering disease-specific MiRNA-target regulatory networks

Baglioni, M., Russo, F., Geraci, F., Rizzo, M., Rainaldi, G. & Pellegrini, M., 7 apr. 2015, I: PLoS ONE. 10, 4, e0122473.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

A proteomic study of the regulatory role for STAT-1 in cytokine-induced beta-cell death

Rondas, D., Gudmundsdottir, V., D'Hertog, W., Crèvecoeur, I., Waelkens, E., Brunak, S., Mathieu, C. & Overbergh, L., 1 okt. 2015, I: Proteomics - Clinical Applications. 9, 9-10, s. 938–952 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

4 Citationer (Scopus)

Avoiding abundance bias in the functional annotation of posttranslationally modified proteins

Schölz, C., Lyon, D., Refsgaard, J. C., Jensen, L. J., Choudhary, C. R. & Weinert, B. T., 1 nov. 2015, I: Nature Methods. 12, s. 1003-4 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › peer review

24 Citationer (Scopus)

Disease Systems Biology Program

Publikation

Søgeresultater