Publikationer pr. år
Publikationer pr. år
Publikation
Søgeresultater
-
2019
A Probabilistic Programming Approach to Protein Structure Superposition
Moreta, L. S., Al-Sibahi, A. S., Theobald, D., Bullock, W., Rommes, B. N., Manoukian, A. & Hamelryck, T., jul. 2019, 2019 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, CIBCB 2019. Baruzzo, G., Daberdaku, S., Di Camillo, B., Furini, S., Giordano, E. D. & Nicosia, G. (red.). IEEE, 5 s. 8791469Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
-
Langevin diffusions on the torus: estimation and applications
García-Portugués, E., Sørensen, M., Mardia, K. V. & Hamelryck, T., 15 jan. 2019, I: Statistics and Computing. 29, 1, s. 1-22 22 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2018
MyPMFs: a simple tool for creating statistical potentials to assess protein structural models
Postic, G., Hamelryck, T. W., Chomilier, J. & Stratmann, D., aug. 2018, I: Biochimie. 151, s. 37-41 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2017
A Generative Angular Model of Protein Structure Evolution
Golden, M., Garcia-Portugues, E., Sørensen, M., Mardia, K. V., Hamelryck, T. & Hein, J., 1 aug. 2017, I: Molecular Biology and Evolution. 34, 8, s. 2085-2100Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2016
Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data
Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, W. K. & Hamelryck, T. W., 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template
Johansson, K. E., Johansen, N. T., Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, J. G., Willemoës, M., Lindorff-Larsen, K., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, T. W. & Winther, J. R., 23 okt. 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2015
Bayesian inference of protein structure from chemical shift data
Bratholm, L. A., Christensen, A. S., Hamelryck, T. W. & Jensen, J. H., 2015, I: PeerJ. 3, 19 s., e861.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Proteins, physics and probability kinematics: a Bayesian formulation of the protein folding problem
Hamelryck, T. W., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Foldager, J. I., Frellsen, J., Haslett, J. & Theobald, D., 2015, Geometry driven statistics. Dryden, I. L. & Kent, J. T. (red.). Wiley, s. 356-376 21 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
2014
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts
Boomsma, W. K., Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, T. W., Lindorff-Larsen, K. & Vendruscolo, M., 23 sep. 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Formulation of probabilistic models of protein structure in atomic detail using the reference ratio method
Valentin, J., Andreetta, C., Boomsma, W. K., Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Mardia, K. V., Tian, P. & Hamelryck, T. W., feb. 2014, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 82, 2, s. 288-299 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
FragBuilder: an efficient Python library to setup quantum chemistry calculations on peptides models
Christensen, A. S., Hamelryck, T. W. & Jensen, J. H., 2014, I: PeerJ. 2, e277.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Probabilistic determination of native state ensembles of proteins
Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, K. & Hamelryck, T. W., 12 aug. 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2013
A simple probabilistic model of multibody interactions in proteins
Johansson, K. E. & Hamelryck, T., aug. 2013, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 81, 8, s. 1340-1350 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Combining the multicanonical ensemble with generative probabilistic models of local biomolecular structure
Frellsen, J., Hamelryck, T. W. & Ferkinghoff-Borg, J., 2013, Proceedings of the 59th World Statistics Congress of the International Statistical Institute, 2013 . Hague, s. 139-144 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning
-
Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data
Olsson, S., Frellsen, J., Boomsma, W. K., Mardia, K. V. & Hamelryck, T. W., 7 nov. 2013, I: PLoS ONE. 8, 11, 7 s., e79439.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Parallel GPGPU Evaluation of Small Angle X-ray Scattering Profiles in a Markov Chain Monte Carlo Framework
Antonov, L. D., Andreetta, C. & Hamelryck, T. W., 2013, Biomedical Engineering Systems and Technologies. Gabriel, J., Schier, J. & Huffel, S. V. (red.). Springer Science+Business Media, Bind 357. s. 222-235 14 s. (Communications in Computer and Information Science).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure
Boomsma, W. K., Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, K. E., Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, J. H., Lindorff-Larsen, K., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 15 jul. 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Phaistos user manual
Boomsma, W., Bottaro, S., Hamelryck, T., Frellsen, J., Andreetta, C., Borg, M., Harder, T., Johansson, K. E., Stovgaard, K. & Tian, P., 2013, 90 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Undervisning
-
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, W. K., Lindorff-Larsen, K., Hamelryck, T. W. & Jensen, J. H., 31 dec. 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2012
An efficient null model for conformational fluctuations in proteins
Harder, T. P., Bottaro, S., Boomsma, W. K., Olsson, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 6 jun. 2012, I: Structure. 20, 6, s. 1028-1039 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
An Overview of Bayesian Inference and Graphical Models
Hamelryck, T., 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 3-48 46 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
Bayesian methods in structural bioinformatics
Hamelryck, T. W. (Redaktør), Mardia, K. (Redaktør) & Ferkinghoff-Borg, J. (Redaktør), 2012, Springer. 377 s. (Statistics for Biology and Health).Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › peer review
-
Fast large-scale clustering of protein structures using Gauss integrals
Harder, T. P., Borg, M., Boomsma, W. K., Røgen, P. & Hamelryck, T. W., feb. 2012, I: Bioinformatics. 28, 4, s. 510-515 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Mixtures of concentrated multivariate sine distributions with applications to bioinformatics
Mardia, K. V., Kent, J. T., Zhang, Z., Taylor, C. C. & Hamelryck, T., 2012, I: Journal of Applied Statistics. 39, 11, s. 2475-2492 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
On the Physical Relevance and Statistical Interpretation of Knowledge-Based Potentials
Borg, M., Hamelryck, T. & Ferkinghoff-Borg, J., 2012, Bayesian Methods in Structural Bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer Publishing Company, s. 97-124 28 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
Probabilistic models of local biomolecular structure and their applications
Boomsma, W. K., Frellsen, J. & Hamelryck, T. W., 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 233-254 22 s. (Statistics for Biology and Health, Springer).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
Subtle Monte Carlo updates in dense molecular systems
Bottaro, S., Boomsma, W. K., Johansson, K. E., Andreetta, C., Hamelryck, T. W. & Ferkinghoff-Borg, J., 14 feb. 2012, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 8, 2, s. 695-702 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Towards a general probabilistic model of protein structure: the reference ratio method
Frellsen, J., Mardia, K. V., Borg, M., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2012, Bayesian methods in structural bioinformatics. Hamelryck, T., Mardia, K. & Ferkinghoff-Borg, J. (red.). Springer, s. 125-134 10 s. (Statistics for Biology and Health).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review
-
2011
A statistical view on the reference ratio method
Mardia, K., Frellsen, J., Borg, M., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2011. 6 s.Publikation: Konferencebidrag › Paper › Forskning
-
Efficient, non-disruptive local moves for Monte Carlo sampling of proteins
Bottaro, S., Boomsma, W. K., Johansson, K. E., Andreetta, C., Hamelryck, T. W. & Ferkinghoff-Borg, J., 2011, Next Generation Statistics in Biosciences: Proceedings of the 30th Leeds Annual Statistical Research (LASR) Workshop. Mardia, K. V., Gusnanto, A., Riley, A. D. & Voss, J. (red.). University of Leeds, s. 127 1 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferenceabstrakt i proceedings › Forskning
-
Generative probabilistic models extend the scope of inferential structure determination
Olsson, S., Boomsma, W. K., Frellsen, J., Bottaro, S., Harder, T. P., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., dec. 2011, I: Journal of Magnetic Resonance. 213, 1, s. 182-186 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › peer review
-
Iterative ratio method: a formal justification for the potentials of mean force
Valentin, J., Andreetta, C., Paluszewski, M., Borg, M., Frellsen, J., Paulsen, J., Boomsma, W. K., Bottaro, S., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 2011. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
827 Downloads (Pure) -
2010
Beyond rotamers: a generative, probabilistic model of side chains in proteins
Harder, T., Boomsma, W. K., Paluszewski, M., Frellsen, J., Johansson, K. E. & Hamelryck, T. W., 5 maj 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 306Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Calculation of accurate small angle X-ray scattering curves from coarse-grained protein models
Stovgaard, K., Andreetta, C., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T. W., 18 aug. 2010, I: B M C Bioinformatics. 11, s. 429Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Mocapy++ - a toolkit for inference and learning in dynamic Bayesian networks
Paluszewski, M. & Hamelryck, T. W., 12 mar. 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, Suppl 1, 6 s., 126.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized
Hamelryck, T., Borg, M., Paluszewski, M., Paulsen, J., Frellsen, J., Andreetta, C., Boomsma, W. K., Bottaro, S. & Ferkinghoff-Borg, J., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 11 s., e13714.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2009
A probabilistic approach to protein structure prediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, T. W., 2009, LASR 2009 — Statistical Tools for Challenges in Bioinformatics. Proceedings. Gusnanto, A., Mardia, K. V. & Fallaize, C. J. (red.). University of Leeds, s. 65-70 6 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
-
A probabilistic approach to protein structureprediction: PHAISTOS in CASP8
Borg, M., Boomsma, W. K., Ferkinghoff-Borg, J., Frellsen, J., Harder, T. P., Mardia, K. V., Røgen, P., Stovgaard, K. & Hamelryck, T. W., 2009, I: School of Mathematics. s. 65-70Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
A probabilistic model of RNA conformational space
Frellsen, J., Moltke, I., Thiim, M., Mardia, K. V., Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, T., 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 6, s. e1000406Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics
Cock, P. J. A., Antao, T., Chang, J. T., Chapman, B. A., Cox, C. J., Dalke, A., Friedberg, I., Hamelryck, T., Kauff, F., Wilczynski, B. & de Hoon, M. J. L., 2009, I: Bioinformatics. 25, 11, s. 1422-3 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Probabilistic models and machine learning in structural bioinformatics
Hamelryck, T., 2009, I: Statistical Methods in Medical Research. 18, 5, s. 505-26 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2008
A generative, probabilistic model of local protein structure
Boomsma, W. K., Mardia, K. V., Taylor, C. C., Ferkinghoff-Borg, J., Krogh, A. & Hamelryck, T., 2008, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 105, 26, s. 8932-8937 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2007
An evolutionary method for learning HMM structure: prediction of protein secondary structure.
Won, K.-J., Hamelryck, T., Prügel-Bennett, A. & Krogh, A., 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, s. 357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Bioinformatic and experimental analysis of the secondary structure of amelogenin
Vilhjalmsson, B., Rasmussen, A., Fabi, B., van de Weert, M., Hamelryck, T. & Lemoult, S., 1 nov. 2007, I: European Cells and Materials. 14, SUPPL.2, 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
1 Citationer (Scopus) -
2006
Diverse bacterial genomes encode an operon of two genes, one of which is a unusual class-I release factor that potentially recognizes atypical mRNA signals other than normal stop codons
Baranov, P., Vestergaard, B., Hamelryck, T. W., Gesteland, Nyborg, J. & Atking, J., 2006, I: Biology Direct. 13, s. 1-28 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Graphical models and directional statistics capture protein structure
Boomsma, W., Kent, J. T., Mardia, K. V., Taylor, C. C. & Hamelryck, T., 2006, Interdisciplinary Statistics and Bioinformatics. Barber, S., Baxter, P. D., Mardia, K. V. & Walls, R. E. (red.). Leeds University Press, s. 91-94 4 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
-
Protein structure prediction using tabu search and half-sphere exposure measure
Paluszewski, M., Hamelryck, T. W. & Winter, P., 2006.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
-
Reconstructing protein structure from solvent exposure using tabu search
Paluszewski, M., Hamelryck, T. W. & Winter, P., 2006, I: Algorithms for Molecular Biology. 1, s. 14Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
9 Citationer (Scopus) -
Sampling Realistic Protein Conformations Using Local Structural Bias
Hamelryck, T. W., Kent, J. T. & Krogh, A., 2006, I: PLoS ONE. 2, 9, s. e131Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
2005
Evolving Hidden Markov Models for protein secondary structure prediction
Won, K. J., Hamelryck, T., Prügel-Bennett, A. & Krogh, A., 31 okt. 2005, 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation, IEEE CEC 2005. Proceedings. Bind 1. s. 33-40 8 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
10 Citationer (Scopus)