Namiko Mitarai

2019

Birth and Resuscitation of (p)ppGpp Induced Antibiotic Tolerant Persister Cells

Svenningsen, M. S., Veress, A., Harms, A., Mitarai, N. & Semsey, S., 1 dec. 2019, I: Scientific Reports. 9, 13 s., 6056.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

23 Citationer (Scopus)

35 Downloads (Pure)

Fast Translation within the First 45 Codons Decreases mRNA Stability and Increases Premature Transcription Termination in E. coli

Pedersen, S., Terkelsen, T. B., Eriksen, M., Hauge, M. K., Lund, C. C., Sneppen, K. & Mitarai, N., 2019, I: Journal of Molecular Biology. 431, 6, s. 1088-1097 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

Gene Expression Changes with Minor Effects on the Population Average Have Major Effects on the Occurrence of Cells with Extreme Protein Concentrations

Svenningsen, M. S., Semsey, S. & Mitarai, N., 1 jan. 2019, I: mSphere. 4, 1, s. 1-6 e00575-18.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

31 Downloads (Pure)

2018

Dynamic Modeling of Indole Glucosinolate Hydrolysis and Its Impact on Auxin Signaling

Vik, D., Mitarai, N., Wulff, N., Halkier, B. A. & Burow, M., 26 apr. 2018, I: Frontiers in Plant Science. 9, 16 s., 550.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

9 Citationer (Scopus)

88 Downloads (Pure)

Theory of invasion extinction dynamics in minimal food webs

Haerter, J. O., Mitarai, N. & Sneppen, K., 12 feb. 2018, I: Physical Review E. 97, 2, 10 s., 022404.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

Toxins, Targets, and Triggers: An Overview of Toxin-Antitoxin Biology

Harms, A., Brodersen, D. E., Mitarai, N. & Gerdes, K., 7 jun. 2018, I: Molecular Cell. 70, 5, s. 768-784 17 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › peer review

209 Citationer (Scopus)

2017

A growing microcolony can survive and support persistent propagation of virulent phages

Eriksen, R. S., Svenningsen, S. L., Sneppen, K. & Mitarai, N., 9 jan. 2017, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 115, 2, s. 337-342

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

18 Citationer (Scopus)

Characterization of phase transitions in a model ecosystem of sessile species

Uekermann, F., Mathiesen, J. & Mitarai, N., 13 mar. 2017, I: Physical Review E. 95, 3, 032409.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Deterministic extinction by mixing in cyclically competing species

Feldager, C. W., Mitarai, N. & Ohta, H., 20 mar. 2017, I: Physical Review E. 95, 3, 032318.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Existence and construction of large stable food webs

Haerter, J. O., Mitarai, N. & Sneppen, K., 8 sep. 2017, I: Physical Review E. 96, 3, 032406.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

Occlusion of the ribosome binding site connects the translational initiation frequency, mRNA stability and premature transcription termination

Eriksen, M., Sneppen, K., Pedersen, S. & Mitarai, N., 14 mar. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 7 s., 362.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

9 Citationer (Scopus)

72 Downloads (Pure)

Synchronized switching of multiple toxin-antitoxin modules by (p)ppGpp fluctuation

Tian, C., Semsey, S. & Mitarai, N., 21 aug. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 14, s. 8180-8189 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

50 Downloads (Pure)

2016

Bifurcation of transition paths induced by coupled bistable systems

Tian, C. & Mitarai, N., 7 jun. 2016, I: The Journal of Chemical Physics. 144, 21, 215102.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

Food Web Assembly Rules for Generalized Lotka-Volterra Equations

Härter, J. O. M., Mitarai, N. & Sneppen, K., feb. 2016, I: PLoS Computational Biology. 12, 2, e1004727.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

16 Citationer (Scopus)

110 Downloads (Pure)

Population Dynamics of Phage and Bacteria in Spatially Structured Habitats Using Phage lambda and Escherichia coli

Mitarai, N., Brown, S. & Sneppen, K., 1 jun. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 12, s. 1783-1793

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

Rapid Curtailing of the Stringent Response by Toxin-Antitoxin Encoded mRNases

Tian, C., Roghanian, M., Jørgensen, M. G., Sneppen, K., Sørensen, M. A., Gerdes, K. & Mitarai, N., jul. 2016, I: Journal of Bacteriology. 198, 14, s. 1918-1926

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

17 Citationer (Scopus)

Three is much more than two in coarsening dynamics of cyclic competitions

Mitarai, N., Gunnarson, I., Pedersen, B. N., Rosiek, C. A. & Sneppen, K., 12 apr. 2016, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 93, 042408.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

2015

Coupled positive and negative feedbacks produce diverse gene expression patterns in colonies

Mitarai, N., Jensen, M. H. & Semsey, S., 7 apr. 2015, I: mBio (Print). 6, 2, e00059-15 .

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

8 Citationer (Scopus)

371 Downloads (Pure)

Dynamic competition between transcription initiation and repression: Role of nonequilibrium steps in cell-to-cell heterogeneity

Mitarai, N., Semsey, S. & Sneppen, K., 13 aug. 2015, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 92, 2, 022710.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

7 Citationer (Scopus)

2014

Disturbance accelerates the transition from low- to high-diversity state in a model ecosystem

Botta, F. & Mitarai, N., 4 feb. 2014, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 89, 2, 022704.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

3 Citationer (Scopus)

Modeling rises and falls in money addicted social hierarchies

Dybiec, B., Mitarai, N. & Sneppen, K., 2014, I: Physica Scripta. 89, 8, 085002.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

Phage and bacteria support mutual diversity in a narrowing staircase of coexistence

Härter, J. O. M., Mitarai, N. & Sneppen, K., 25 nov. 2014, I: I S M E Journal. 28, 11, s. 2317-2326

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

35 Citationer (Scopus)

Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space

Mitarai, N., Heinsalu, E. & Sneppen, K., 12 maj 2014, I: PloS One. 9, 5, s. e96665

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

629 Downloads (Pure)

2013

Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy

Cataudella, I., Sneppen, K., Gerdes, K. & Mitarai, N., 1 aug. 2013, I: PLoS Computational Biology. 9, 8, e1003174.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

43 Citationer (Scopus)

1353 Downloads (Pure)

Control of ribosome traffic by position-dependent choice of synonymous codons

Mitarai, N. & Pedersen, S., 8 okt. 2013, I: Physical Biology. 10, 5, 056011.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

15 Citationer (Scopus)

Entrainment of noise-induced and limit cycle oscillators under weak noise

Mitarai, N., Alon, U. & Jensen, M. H., 1 jun. 2013, I: Chaos. 23, 2, 023125.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

6 Citationer (Scopus)

Experimental observation of shear thickening oscillation

Nagahiro, S., Nakanishi, H. & Mitarai, N., 1 okt. 2013, I: EPL. 104, 2, 28002.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

16 Citationer (Scopus)

2012

Axelrod model: accepting or discussing

Dybiec, B. M., Mitarai, N. & Sneppen, K., 1 okt. 2012, I: European Physical Journal B. Condensed Matter and Complex Systems. 85, 10, s. 357

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

4 Citationer (Scopus)

Circuit architecture explains functional similarity of bacterial heat shock responses

Masayo, I., Mitarai, N. & Trusina, A., 1 dec. 2012, I: Physical Biology. 9, 6, s. 066003

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

Conditional Cooperativity in Toxin-Antitoxin Regulation Prevents Random Toxin Activation and Promotes Fast Translational Recovery

Cataudella, I., Trusina, A., Sneppen, K., Gerdes, K. & Mitarai, N., aug. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6424-6434

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

59 Citationer (Scopus)

Emergence of diversity in a model ecosystem

Mitarai, N., Mathiesen, J. & Sneppen, K., 30 jul. 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 86, 1, s. 011929 6 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

13 Citationer (Scopus)

Fluid dynamics of dilatant fluid

Nakanishi, H., Nagahiro, S. & Mitarai, N., 11 jan. 2012, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 85, 1, s. 011401 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

28 Citationer (Scopus)

Granular flow: dry and wet

Mitarai, N. & Nakanishi, H., apr. 2012, I: European Physical Journal. Special Topics. 204, 1, s. 5-17 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › peer review

13 Citationer (Scopus)

Information spreading and development of cultural centers

Dybiec, B. M., Mitarai, N. & Sneppen, K., 18 maj 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 85, 5, s. 056116 7 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

10 Citationer (Scopus)

Multistability with a Metastable Mixed State

Sneppen, K. & Mitarai, N., 5 sep. 2012, I: Physical Review Letters. 109, 10, s. 100602 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

21 Citationer (Scopus)

Protein Localization with Flexible DNA or RNA

Bernhardsson, P. J. S., Mitarai, N. & Sneppen, K., 10 feb. 2012, I: PLoS.ONE.. 7, 2, s. e29218

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Switching between oscillations and homeostasis in competing negative and positive feedback motifs

Li, W., Krishna, S., Pigolotti, S., Mitarai, N. & Jensen, M. H., 21 aug. 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 307, s. 205-210

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

9 Citationer (Scopus)

2011

Ecosystems with Mutually Exclusive Interactions Self-Organize to a State of High Diversity

Mathiesen, J., Mitarai, N., Sneppen, K. & Trusina, A., 25 okt. 2011, I: Physical Review Letters. 107, 18, s. 188101

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

36 Citationer (Scopus)

Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds

Lizana, G. L., Mitarai, N. & Sneppen, K., 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

16 Citationer (Scopus)

Shear Thickening Oscillation in a Dilatant Fluid

Nakanishi, H. & Mitarai, N., mar. 2011, I: Journal of the Physical Society of Japan. 80, 3, s. 033801

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

12 Citationer (Scopus)

The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region

Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, N., Lo Svenningsen, S., Sneppen, K. & Pedersen, S., 18 mar. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

20 Citationer (Scopus)

1534 Downloads (Pure)

2010

Simple Interaction Model for Particlly Wet Granular Materials

Mitarai, N. & Nakanishi, H., 1 feb. 2010, I: A I P Conference Proceedings Series. 1227, s. 214-220

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes

Micheelsen, M. A., Mitarai, N., Sneppen, K. & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

39 Citationer (Scopus)

2009

Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs

Mitarai, N., Benjamin, J-A. M., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Massé, E. & Sneppen, K., 30 jun. 2009, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 26, s. 10655-9 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

55 Citationer (Scopus)

Dynamic features of gene expression control by small regulatory RNAs

Mitarai, N., Bemjamin, JAM., Krishna, S., Semsey, S., Csiszovszki, Z., Masse, E. & Sneppen, K., 2009, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 106, 26, s. 10655-10659 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

55 Citationer (Scopus)

Dynamics of the recovery from sRNA-mediated gene silencing

Semsey, S., Bemjamin, JAM., Mitarai, N., Krishna, S., Csiszovszki, Z., Sneppen, K. & Masse, E., 2009, I: Cell Cycle. 8, 18, s. 2863-2864 1 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Loewner driving functions for off-critical percolation clusters

Kondo, Y., Mitarai, N. & Nakanishi, H., 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 80, 5, Part 1, s. 050102

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

2 Citationer (Scopus)

Nonideal behavior of intramolecular structure factor of dilute polymers in a theta solvent

Shimomura, K., Nakanishi, H. & Mitarai, N., 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 80, 5, Part 1, s. 051804

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

5 Citationer (Scopus)

Simple model for wet granular materials with liquid cluster

Mitarai, N. & Nakanishi, H., 1 dec. 2009, I: EPL. 88, 6, s. 64001

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

10 Citationer (Scopus)

2008

Anomalous fluctuations in sliding motion of cytoskeletal filaments driven by molecular motors: Model simulations

Imafuku, Y., Mitarai, N., Tawada, K. & Nakanishi, H., 7 feb. 2008, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 112, 5, s. 1487-1493

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

1 Citationer (Scopus)

Namiko Mitarai

Publikation

Søgeresultater