Biologisk Institut

 

 
  1. 2024
  2. Udgivet

    Identification of constrained sequence elements across 239 primate genomes

    Kuderna, L. F. K., Ulirsch, J. C., Rashid, S., Ameen, M., Sundaram, L., Hickey, G., Cox, A. J., Gao, H., Kumar, A., Aguet, F., Christmas, M. J., Clawson, H., Haeussler, M., Janiak, M. C., Kuhlwilm, M., Orkin, J. D., Bataillon, T., Manu, S., Valenzuela, A., Bergman, J. & 72 flere, Rouselle, M., Silva, F. E., Agueda, L., Blanc, J., Gut, M., de Vries, D., Goodhead, I., Harris, R. A., Raveendran, M., Jensen, A., Chuma, I. S., Horvath, J. E., Hvilsom, C., Juan, D., Frandsen, P., Schraiber, J. G., de Melo, F. R., Bertuol, F., Byrne, H., Sampaio, I., Farias, I., Valsecchi, J., Messias, M., da Silva, M. N. F., Trivedi, M., Rossi, R., Hrbek, T., Andriaholinirina, N., Rabarivola, C. J., Zaramody, A., Jolly, C. J., Phillips-Conroy, J., Wilkerson, G., Abee, C., Simmons, J. H., Fernandez-Duque, E., Kanthaswamy, S., Shiferaw, F., Wu, D., Zhou, L., Shao, Y., KU, thw266, Keyyu, J. D., Knauf, S., Le, M. D., Lizano, E., Merker, S., Navarro, A., Nadler, T., Khor, C. C., Lee, J., Tan, P., Lim, W. K., Kitchener, A. C., Zinner, D., Gut, I., Melin, A. D., Guschanski, K., Schierup, M. H., Beck, R. M. D., Karakikes, I., Wang, K. C., Umapathy, G., Roos, C., Boubli, J. P., Siepel, A., Kundaje, A., Paten, B., Lindblad-Toh, K., Rogers, J., Marques Bonet, T. & Farh, K. K. H., 2024, I: Nature. 625, s. 735–742 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Endogenous Tagging of Ciliary Genes in Human RPE1 Cells for Live-Cell Imaging

    Kuhns, S., Juhl, A. D., Anvarian, Zeinab, Wüstner, D., Pedersen, Lotte Bang & Andersen, J. S., 2024, Methods in Molecular Biology. Humana Press, s. 147-166 20 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2725).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    A druggable conformational switch in the c-MYC transactivation domain

    Lama, D., Vosselman, T., Sahin, Cagla, Liaño-pons, J., Cerrato, C. P., Nilsson, L., Teilum, Kaare, Lane, D. P., Landreh, M. & Arsenian Henriksson, M., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 14 s., 1865.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Organismal and cellular growth control by cholesterol as a nutritronal signal

    Lassen, Mette, 2024, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 146 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportPh.d.-afhandlingForskning

  6. E-pub ahead of print

    BeetleAtlas: An Ontogenetic and Tissue-specific Transcriptomic Atlas of the Red Flour Beetle Tribolium castaneum

    Leader, D. P., Naseem, Muhammad Tayyib & Halberg, Kenneth Veland, 2024, (E-pub ahead of print) I: Journal of Molecular Biology. 168520.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Genomic and functional diversity of cultivated Bifidobacterium from human gut microbiota

    Li, W., Liang, H., He, W., Gao, X., Wu, Z., Hu, T., Lin, X., Wang, M., Zhong, Y., Zhang, H., Ge, L., Jin, X., Xiao, L. & Zou, Y., 2024, I: Heliyon. 10, 5, 14 s., e27270.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Efficient statistical and computational methods for large scale sequencing data

    Li, Zilong, 2024, Department of Biology, Faculty of Science, University of Copenhagen. 149 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportDoktordisputatsForskning

  9. Udgivet

    vcfpp: a C++ API for rapid processing of the variant call format

    Li, Z., 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 4 s., btae049.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Flooding-adaptive root and shoot traits in rice

    Lin, C., Zhang, Z., Shen, X., Liu, Dan & Pedersen, Ole, 2024, I: Functional Plant Biology. 51, 1, 13 s., FP23226.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Isolation of potentially novel species expands the genomic and functional diversity of Lachnospiraceae

    Lin, X., Hu, T., Wu, Z., Li, L., Wang, Y., Wen, D., Liu, X., Li, W., Liang, H., Jin, X., Xu, X., Wang, J., Yang, H., Kristiansen, Karsten, Xiao, L. & Zou, Y., 2024, I: iMeta. 3, 2, 18 s., e174.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Introgression and disruption of migration routes have shaped the genetic integrity of wildebeest populations

    Liu, X., Lin, L., Sinding, M. H. S., Bertola, L. D., Hanghøj, K., Quinn, L., Garcia-Erill, G., Rasmussen, M. S., Schubert, M., Pečnerová, P., Balboa, R. F., Li, Z., Heaton, M. P., Smith, T. P. L., Pinto, R. R., Wang, X., Kuja, J., Brüniche-Olsen, A., Meisner, J., Santander, C. G. & 8 flere, Ogutu, J. O., Masembe, C., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Muwanika, V., Siegismund, Hans Redlef, Albrechtsen, Anders, Moltke, Ida & Heller, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 2921.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Can large language models reason about medical questions?

    Liévin, V., Hother, C. E., Motzfeldt, A. G. & Winther, Ole, 2024, I: Patterns. 5, 3, 12 s., 100943.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Transmembrane transporter proteins: Capturing transport in motion

    Loland, Claus Juul, Wellendorph, Petrine, Pedersen, Stine Helene Falsig & Gether, Ulrik, 2024, I: Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology. 134, 2, s. 203-205 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Nitrogen uptake in lentil cultivar mixtures is not predictable from pure stands performance but is correlated with agronomic parameters and experimental conditions

    Lorenzetti, E., Carlesi, S., Michelsen, Anders & Bàrberi, P., 2024, I: Agriculture and Food Security. 13, 1, 13 s., 11.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    DNA metabarcoding reveals the impact of Cu2+ on soil cercozoan diversity

    Lourenço, L., Ellegaard Bager, S., Ng, D. Y. K., Sheikh, Sanea, Kindtler, Nikolaj Lunding, Nielsen, Ida Broman, Frøslev, Tobias Guldberg & Ekelund, Flemming, 2024, I: Protist. 175, 2, 9 s., 126016.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Changes in composition and function of soil microbial communities during secondary succession in oldfields on the Tibetan Plateau

    Ma, Hui, Yan, X., Gao, E., Qiu, Y., Sun, X., Wang, S., Wang, Y., Bruun, Hans Henrik, He, Z., Shi, X. & Zhao, Z., 2024, I: Plant and Soil. 495, s. 429–443 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Phytoremediation in the Guadiamar Green Corridor (SW Spain): Trace element uptake by plants and effects on soil fungal diversity

    Madejón, P., Domínguez, M. T., Gil-Martínez, M. & Madejón, E., 2024, I: Advances in Botanical Research. 109, s. 255-294 40 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Environmental drivers of increased ecosystem respiration in a warming tundra

    Maes, S. L., Dietrich, J., Midolo, G., Schwieger, S., Kummu, M., Vandvik, V., Aerts, R., Althuizen, I. H. J., Biasi, C., Björk, R. G., Böhner, H., Carbognani, M., Chiari, G., Christiansen, C. T., Clemmensen, K. E., Cooper, E. J., Cornelissen, J. H. C., Elberling, B., Faubert, P., Fetcher, N. & 56 flere, Forte, T. G. W., Gaudard, J., Gavazov, K., Guan, Z., Guðmundsson, J., Gya, R., Hallin, S., Hansen, B. B., Haugum, S. V., He, J. S., Hicks Pries, C., Hovenden, M. J., Jalava, M., Jónsdóttir, I. S., Juhanson, J., Jung, J. Y., Kaarlejärvi, E., Kwon, M. J., Lamprecht, R. E., Le Moullec, M., Lee, H., Marushchak, M. E., Michelsen, Anders, Munir, T. M., Myrsky, E. M., Nielsen, C. S., Nyberg, M., Olofsson, J., Óskarsson, H., Parker, T. C., Pedersen, Emily Pickering, Petit Bon, M., Petraglia, A., Raundrup, K., Ravn, N. M. R., Rinnan, Riikka, Rodenhizer, H., Ryde, Ingvild, Schmidt, N. M., Schuur, E. A. G., Sjögersten, S., Stark, S., Strack, M., Tang, J., Tolvanen, A., Töpper, J. P., Väisänen, M. K., van Logtestijn, R. S. P., Voigt, C., Walz, J., Weedon, J. T., Yang, Y., Ylänne, H., Björkman, M. P., Sarneel, J. M. & Dorrepaal, E., 2024, I: Nature. 629, 8010, s. 105-113 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet
  21. Udgivet

    Impact of salinity and temperature on the vital rates of co-occurring Calanus glacialis and C. finmarchicus from West Greenland

    Makri, M., Hansen, Per Juel & Gissel Nielsen, T., 2024, I: Marine Ecology - Progress Series. 729, s. 47-62 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Inhibitors of bacterial immune systems: discovery, mechanisms and applications

    Mayo-Muñoz, D., Pinilla Redondo, Rafael, Camara, Sarah, Birkholz, N. & Fineran, P. C., 2024, I: Nature Reviews Genetics. 25, 4, s. 237-254 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Ancient and Modern Genomes Reveal Microsatellites Maintain a Dynamic Equilibrium Through Deep Time

    McComish, B. J., Charleston, M. A., Parks, M., Baroni, C., Salvatore, M. C., Li, R., KU, thw266, Millar, C. D., Holland, B. R. & Lambert, D. M., 2024, I: Genome Biology and Evolution. 16, 3, 11 s., evae017.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    MCT4 and CD147 colocalize with MMP14 in invadopodia and support matrix degradation and invasion by breast cancer cells

    Meng, Signe, Sørensen, E. E., Ponniah, M., Thorlacius-Ussing, J., Crouigneau, R., Larsen, T., Borre, M. T., Willumsen, N., Flinck, M. & Pedersen, Stine Helene Falsig, 2024, I: Journal of Cell Science. 137, 8, 15 s., jcs261608.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    A region of suppressed recombination misleads neoavian phylogenomics

    Mirarab, S., Rivas-González, I., Feng, S., Stiller, Josefin, Fang, Q., Mai, U., Hickey, G., Chen, G., Brajuka, N., Fedrigo, O., Formenti, G., Wolf, J. B. W., Howe, K., Antunes, A., Schierup, M. H., Paten, B., Jarvis, E. D., KU, thw266 & Braun, E. L., 1 apr. 2024, I: Proceedings of the National Academy of Sciences. 121, 15, 10 s., e2319506121.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    The Advancement in Spring Vegetation Phenology in the Northern Hemisphere Will Reverse After 2060 Under Future Moderate Warming Scenarios

    Mo, Y., Chen, S., Wu, Z., Tang, Jing & Fu, Y., 2024, I: Earth's Future. 12, 3, 17 s., e2023EF003788.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt