Jakob Hull Havgaard

Publikation

Publikationer pr. år 2005 2007 2017 2020

• 20 Tidsskriftartikel
• 1 Ph.d.-afhandling
• 1 Bidrag til bog/antologi
• 1 Konferencebidrag i proceedings
• 1 Mere
  • 1 Konferenceabstrakt i tidsskrift

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2020

  Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities

  Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Melo, A. C. M. A., 25 maj 2020, I: Concurrency Computation. e5468.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Graphics Processing Unit 100%
  • RNA 72%
  • Alignment 69%
  • Accelerate 66%
  • Wavefronts 59%
  3 Citationer (Scopus)
• 2018

  CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters

  Alkan, F., Wenzel, A., Anthon, C., Havgaard, J. H. & Gorodkin, J., 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Guide RNA 100%
  • nucleic acid 88%
  • duplex 84%
  • Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats 82%
  • RNA 74%
  28 Citationer (Scopus)

  59 Downloads (Pure)
• 2017

  Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots

  Kato, Y., Gorodkin, J. & Havgaard, J. H., dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Genomics 100%
  • RNA 68%
  • Untranslated RNA 37%
  • Human Genome 34%
  • Small Interfering RNA 27%
  52 Downloads (Pure)

• Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia

  Junge, A., Zandi, R., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Porifera 100%
  • Acute Myeloid Leukemia 84%
  • MicroRNAs 74%
  • RNA 20%
  • Chromosomes, Human, Pair 8 20%
  8 Citationer (Scopus)

• CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment

  Sundfeld, D., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Graphics processing unit 76%
  • Nucleotides 51%
  • Wavefronts 27%
  • Dynamic programming 20%
  2 Citationer (Scopus)

• RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs

  Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, S. E., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA Sequence 100%
  • RNA 88%
  • Conservation 73%
  • Clustering 69%
  • Alignment 67%
  20 Citationer (Scopus)

  56 Downloads (Pure)
• 2016

  Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs

  Jacobsen, M. J., Havgaard, J. H., Mentzel, C. M. J., Sørensen, P. M., Pundhir, S., Anthon, C., Karlskov-Mortensen, P., Bruun, C. V. S., Cirera Salicio, S., Gorodkin, J., Jorgensen, C. B., Barrès, R. & Fredholm, M., 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › peer review

• Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment

  Sundfeld, D., Havgaard, J. H., de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, J., 15 apr. 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Alignment 95%
  • Pairwise 72%
  • Sequence Alignment 50%
  • Length 49%
  13 Citationer (Scopus)

  90 Downloads (Pure)
• 2015

  Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop

  Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, E. S., Havgaard, J. H., Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, H. & Gorodkin, J., 30 sep. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Software 36%
  • In Vitro Techniques 21%
  3 Citationer (Scopus)

  327 Downloads (Pure)
• 2014

  RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments

  Havgaard, J. H. & Gorodkin, J., 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Heuristics 91%
  • Memory 17%
  11 Citationer (Scopus)

• Structured RNAs and synteny regions in the pig genome

  Anthon, C., Tafer, H., Havgaard, J. H., Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, E. S., Pundhir, S., Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, M., Stadler, P. F. & Gorodkin, J., 10 jun. 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Synteny 100%
  • Swine 55%
  • RNA 48%
  • Genome 47%
  • Untranslated RNA 23%
  16 Citationer (Scopus)

  913 Downloads (Pure)
• 2012

  Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM

  Havgaard, J. H., Kaur, S. & Gorodkin, J., sep. 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Untranslated RNA 100%
  • Genes 35%
  5 Citationer (Scopus)
• 2010

  De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

  Gorodkin, J., Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, J. H. & Ruzzo, W. L., jan. 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Genomics 57%
  • Substitution reactions 54%
  • Substitution Reaction 52%
  • Untranslated RNA 46%
  55 Citationer (Scopus)
• 2009

  Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering

  Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, J. H., Stadler, P. F. & Gorodkin, J., 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • MicroRNA 100%
  • Clustering 57%
  • Cluster Analysis 54%
  • Human 54%
  • Secondary Structure 53%
  43 Citationer (Scopus)
• 2007

  Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix

  Havgaard, J. H., Torarinsson, E. & Gorodkin, J., 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 10, s. 1896-1908 13 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • pruning 100%
  • Pruning 97%
  • Heuristics 97%
  • RNA 92%
  • Alignment 88%
  88 Citationer (Scopus)

  1140 Downloads (Pure)

• Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis

  Torarinsson, E., Havgaard, J. H. & Gorodkin, J., 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  118 Citationer (Scopus)

• Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags

  Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W., & 16 flereLi, W., Yu, J., Wang, J., Staefeldt, H-H., Wernersson, R., Madsen, L. B., Thomsen, B. S., Hornshøj, H., Bujie, Z., Wang, X., Wang, X., Bolund, L., Brunak, S., Yang, H., Bendixen, C. & Fredholm, M., 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Expressed Sequence Tags 100%
  • Gene Library 84%
  • expressed sequence tags 84%
  • Gene Expression Profiling 82%
  • cDNA libraries 75%
  57 Citationer (Scopus)

  2615 Downloads (Pure)

• Semiautomated improvement of RNA alignments

  Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, J. H., Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, J., 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Base Pairing 63%
  • Signal Recognition Particle 31%
  • Bacterial RNA 30%
  • Sequence Alignment 24%
  35 Citationer (Scopus)

• SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation

  Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., & 5 flereNielsen, B., Havgaard, J. H., Brunak, S., Fredholm, M. & Bendixen, C., 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Single nucleotide Polymorphism 100%
  • Annotation 95%
  • Expressed Sequence Tags 87%
  • Polymorphism 86%
  • Mining 86%
  26 Citationer (Scopus)

• Structural alignment of RNA with FOLDALIGN

  Havgaard, J. H., 2007, Frederiksberg: Center for Skov, Landskab og Planlægning/Københavns Universitet. 128 s.

  Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling

  385 Downloads (Pure)
• 2006

  MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms

  Gorodkin, J., Havgaard, J. H., Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, M., 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • MicroRNA 100%
  • Asymmetry 69%
  • MicroRNAs 51%
  • Precursor 49%
  • Profile 31%
  20 Citationer (Scopus)

• Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure

  Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, J. H., Fredholm, M. & Gorodkin, J., 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Northern Blotting 71%
  • Polymerase Chain Reaction 63%
  • Chromosomes, Human, Pair 20 53%
  • Conserved Sequence 43%
  128 Citationer (Scopus)
• 2005

  Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%

  Havgaard, J. H., Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, J., 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA Sequence 100%
  • RNA 88%
  • Alignment 84%
  • Genes 70%
  • Pairwise 64%
  120 Citationer (Scopus)

• The FOLDALIGN web server for pairwise structural RNA alignment and mutual motif search

  Havgaard, J. H., Lyngsø, R. B. & Gorodkin, J., 2005, I: Nucleic Acids Research. 33, s. W650-W653 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA 100%
  • Nucleotide Motifs 94%
  55 Citationer (Scopus)