Publikationer pr. år
Publikationer pr. år
Personlig profil
Kort præsentation
Lektor i Bioinformatik. Mit forsknings område er ncRNA bioinformatik. Dette kan for eksempel være: Secondær struktur forudsigelse, strukturel ncRNA alignment, forudsigelse af RNA-RNA interaktioner, og ncRNA genom annotering.
Jeg underviser primært i programmering for begyndere (Perl) og bioinformatik.
Jeg er ansat som vip selvom nogle jeg er registeret som tap i nogle systemer.
Aktuel forskning
I øjeblikket arbejder jeg på et projekt om de novo methylering af DNA (epigenetik) og ncRNA betalt af Lundbeck fonden.
Undervisnings- og vejledningsområder
- Bioinformatik
- ncRNA
- Programmering
Emneord
- Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet
- ncRNA
- Bioinformatik
- ikke-kodende RNA
- struktural RNA alignment
- RNA-RNA interaktion
- RNA annotation
Fingeraftryk
Dyk ned i forskningsemnerne, hvor Jakob Hull Havgaard er aktive. Disse emneetiketter kommer fra dennes persons arbejder. Sammen danner de et unikt fingerprint.
- 6 Lignende profiler
Samarbejde og topforskningsområder i de sidste fem år
Seneste eksterne samarbejde på lande-/områdeniveau. Dyk ned i detaljerne ved at klikke på prikkerne eller
Publikation
-
Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities
Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Melo, A. C. M. A., 25 maj 2020, I: Concurrency Computation. e5468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters
Alkan, F., Wenzel, A., Anthon, C., Havgaard, J. H. & Gorodkin, J., 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Kato, Y., Gorodkin, J. & Havgaard, J. H., dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia
Junge, A., Zandi, R., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment
Sundfeld, D., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › peer review
-
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, S. E., Havgaard, J. H., Gorodkin, J. & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
-
Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs
Jacobsen, M. J., Havgaard, J. H., Mentzel, C. M. J., Sørensen, P. M., Pundhir, S., Anthon, C., Karlskov-Mortensen, P., Bruun, C. V. S., Cirera Salicio, S., Gorodkin, J., Jorgensen, C. B., Barrès, R. & Fredholm, M., 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › peer review
-
Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment
Sundfeld, D., Havgaard, J. H., de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, J., 15 apr. 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
Aktiviteter
- 3 Organisation af og deltagelse i konference
-
Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
Jakob Hull Havgaard (Deltager)
21 jul. 2007 → 25 jul. 2007Aktivitet: Deltagelse i eller arrangement af en begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference
-
European Conference on Computational Biology
Jakob Hull Havgaard (Deltager)
21 jul. 2007 → 25 jul. 2007Aktivitet: Deltagelse i eller arrangement af en begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference
-
TBI Winterseminar
Jakob Hull Havgaard (Deltager)
18 feb. 2007 → 24 feb. 2007Aktivitet: Deltagelse i eller arrangement af en begivenhed - typer › Organisation af og deltagelse i konference