Steen Pedersen

Publikation

Publikationer pr. år 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1998 2013 2017 2019 2019

• 30 Tidsskriftartikel
• 1 Bidrag til bog/antologi
• 1 Konferencebidrag i proceedings
• 1 Review

Publikationer pr. år

Publikationer pr. år

Søgeresultater

• 2019

  Absolute quantification of translational regulation and burden using combined sequencing approaches

  Gorochowski, T. E., Chelysheva, I., Eriksen, M., Nair, P., Pedersen, S. & Ignatova, Z., maj 2019, I: Molecular Systems Biology. 15, 5, 15 s., e8719.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Sequencing 100%
  • Quantification 92%
  • Messenger RNA 78%
  • Proteins 76%
  • translation (genetics) 72%
  23 Citationer (Scopus)

  29 Downloads (Pure)

• Fast Translation within the First 45 Codons Decreases mRNA Stability and Increases Premature Transcription Termination in E. coli

  Pedersen, S., Terkelsen, T. B., Eriksen, M., Hauge, M. K., Lund, C. C., Sneppen, K. & Mitarai, N., 2019, I: Journal of Molecular Biology. 431, 6, s. 1088-1097 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA Stability 100%
  • Codon 89%
  • Escherichia coli 63%
  • Reading Frames 17%
  • Lac Operon 16%
  1 Citationer (Scopus)

• Potential pharmacobezoar formation of large size extended-release tablets and their dissolution - an in vitro study

  Hoegberg, L. C. G., Refsgaard, F., Pedersen, S. H., Personne, M., Ullah, S., Panagiotidis, G., Petersen, T. S. & Annas, A., 3 apr. 2019, I: Clinical Toxicology. 57, 4, s. 271-281

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Tablets 100%
  • Dissolution 80%
  • Paracetamol 66%
  • Drug 57%
  • In Vitro Techniques 47%
  3 Citationer (Scopus)
• 2017

  Inflammation Downregulates UCP1 Expression in Brown Adipocytes Potentially via SIRT1 and DBC1 Interaction

  Nøhr, M. K., Bobba, N., Richelsen, B., Lund, S. & Pedersen, S. B., 8 maj 2017, I: International Journal of Molecular Sciences (CD-ROM). 18, 5, 1006.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Uncoupling Protein 1 100%
  • Brown Adipocytes 99%
  • Resveratrol 93%
  • Sirtuin 1 93%
  • Brown 72%
  25 Citationer (Scopus)

  18 Downloads (Pure)

• Occlusion of the ribosome binding site connects the translational initiation frequency, mRNA stability and premature transcription termination

  Eriksen, M., Sneppen, K., Pedersen, S. & Mitarai, N., 14 mar. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 7 s., 362.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA Stability 100%
  • Ribosomes 94%
  • Binding Sites 69%
  • Messenger RNA 51%
  • Lac Operon 32%
  9 Citationer (Scopus)

  72 Downloads (Pure)
• 2013

  Control of ribosome traffic by position-dependent choice of synonymous codons

  Mitarai, N. & Pedersen, S., 8 okt. 2013, I: Physical Biology. 10, 5, 056011.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Ribosomes 100%
  • Codon 94%
  • Amino Acid Sequence 22%
  • Amino Acids 16%
  • Codon Usage 16%
  15 Citationer (Scopus)

• Molecular crowding limits translation and cell growth

  Klumpp, S., Scott, M., Pedersen, S. & Hwa, T., 15 okt. 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 42, s. 16754-16759 6 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Growth 100%
  • Transfer RNA 62%
  • Ribosomes 59%
  • Proteins 41%
  • Bacterial Physiological Phenomena 41%
  127 Citationer (Scopus)
• 2011

  The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region

  Pedersen, M., Nissen, S., Mitarai, N., Lo Svenningsen, S., Sneppen, K. & Pedersen, S., 18 mar. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 407, 1, s. 35-44 10 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Ribosomes 100%
  • Half-Life 85%
  • Messenger RNA 54%
  • Codon 47%
  • RNA Stability 8%
  20 Citationer (Scopus)

  1534 Downloads (Pure)
• 2010

  Economy of operon formation: cotranscription minimizes shortfall in protein complexes

  Sneppen, K., Pedersen, S., Krishna, S., Dodd, I. B. & Semsey, S., 21 sep. 2010, I: Microbe. 1, 4, s. e00177-10

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Operon 100%
  • Proteins 33%
  • Archaea 22%
  • Eukaryotic Cells 19%
  • Noise 16%
  18 Citationer (Scopus)
• 2008

  Ribosome collisions and Translation efficiency: Optimization by codon usage and mRNA destabilization

  Mitarai, N., Sneppen, K. & Pedersen, S., 2008, I: Journal of Molecular Biology. 382, 1, s. 236-245 9 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Codon Usage 100%
  • Ribosomes 75%
  • Messenger RNA 41%
  • Stochastic Processes 18%
  • Protein Biosynthesis 13%
  101 Citationer (Scopus)
• 2007

  Pseudouridylation of helix 69 of 23S rRNA is necessary for an effective translation termination.

  Ejby, M., Sørensen, M. A. & Pedersen, S., 2007, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 104, 49, s. 19410-5 5 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • 23S Ribosomal RNA 100%
  • Codon 71%
  • Pseudouridine 69%
  • Terminator Codon 51%
  • Reading 25%
  48 Citationer (Scopus)
• 2003

  Limiting factors in Escherichia colifed-batch production of recombinant proteins

  Sanden, A. M., Prytz, I., Tubelekas, I., Forsberg, C., Le, H., Hektor, A., Neubauer, P., Pragai, Z., Harwood, C., Ward, A., Picon, A., de Mattos, J. T., Postma, P., Farewell, A., Nystrøm, T., Reeh, S., Pedersen, S. & Larsson, G., 2003, I: Biotechnology and Bioengineering (Print). 81(2), s. 158-166

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
• 2002

  Long-term AICAR administration reduces metabolic disturbances and lowers blood pressure in rats displaying features of the insulin resistance syndrome

  Buhl, E. S., Jessen, N., Pold, R., Ledet, T., Flyvbjerg, A., Pedersen, S. B., Pedersen, O., Schmitz, O. & Lund, S., 2002, I: Diabetes. 51, 7, s. 2199-206 8 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Aminoimidazole Carboxamide 100%
  • 4-aminoimidazole 95%
  • Insulin Resistance 50%
  • Blood Pressure 39%
  • Insulin 11%
  197 Citationer (Scopus)
• 2000

  Thermodynamics of heat-shock response. Bourke Arnvig K, Pedersen S, Sneppen K

  Pedersen, S., 2000, I: Physical Review Letters. s. Phys Rev Lett; 84: 3005-8. 4 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  13 Citationer (Scopus)
• 1998

  Determination of the Peptide Elongation Rate in vivo

  Sørensen, M. A. & Pedersen, S., 1998, Protein Synthesis: Methods and protocols. Totowa, N.J., U.S.A.: Humana Press, s. 129-142

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning

  7 Citationer (Scopus)

• Ribosomal Protein S1 required for translation of most, if not all, natural mRNAs in Escherichia coli in vivo

  Sørensen, M. A., Fricke, J. & Pedersen, S., 1998, I: Journal of Molecular Biology. 280, s. 561-569

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

• The modification of the wobble base of tRNA(Glu) modulates the translation rate of glutamic acid codons in vivo

  Krüger, M. K., Pedersen, S., Hagervall, T. G. & Sørensen, M. A., 4 dec. 1998, I: Journal of Molecular Biology. 284, 3, s. 621-631 11 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • RNA, Transfer, Glu 100%
  • Codon 55%
  • Glutamic Acid 49%
  • Base Pairing 13%
  • RNA, Transfer, Lys 7%
  101 Citationer (Scopus)

• The modification of the wobble base of tRNA^Glu modulates the translation rate of glutamic acid codons in vivo

  Krüger, M. K., Pedersen, S., Hagervall, T. G. & Sørensen, M. A., 1998, I: J. Mol. Biol.. 284, s. 609-620

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
• 1995

  The cmk Gene Encoding Cytidine Monophosphate Kinase is located in the rpsA Operon and is required for normal replication rate in Escherichia coli

  Fricke, J., Neuhard, J., Kelln, R. A. & Pedersen, S., 1995, I: Journal of Bacteriology. Vol 177, No 3, s. 517-523

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  48 Citationer (Scopus)
• 1994

  Concentrations of 4.5S RNA and Ffh Protein in Escherichia coli: the Stability of Ffh Protein is Dependent on the Concentration of 4.5S RNA

  Jensen, C. G. & Pedersen, S., 1994, I: Journal of Bacteriology. Vol 176, No 23, s. 7148-7154

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  57 Citationer (Scopus)

• Effect of 4.5S RNA Depletion on Escherichia coli Protein Synthesis and Secretion

  Jensen, C. G., Brown, S. & Pedersen, S., 1994, I: Journal of Bacteriology. Vol 176, No 9, s. 2502-2506

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  19 Citationer (Scopus)

• High Concentrations of ppGpp Decrease the RNA Chain Growth Rate. Implications for Protein Synthesis and Translation Fidelity During Amino Acid Starvation in Escherichia coli

  Sørensen, M. A., Jensen, K. F. & Pedersen, S., 1994, I: Journal of Molecular Biology. Vol 236, s. 441-454

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review
• 1993

  Isolation and characterization of mutants with impaired regulation of rpsA, the gene encoding ribosomal protein S1 of Escherichia coli

  Rasmussen, M. D., Sørensen, M. A. & Pedersen, S., 1993, I: Molecular Genetics and Genomics. 240, s. 23-28

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  10 Citationer (Scopus)

• Synthesis of proteins in Escherichia coli is limited by the concentration of free ribosomes

  Vind, J., Sørensen, M. A., Rasmussen, M. D. & Pedersen, S., 1993, I: Journal of Molecular Biology. Vol. 231, s. 678-688

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  145 Citationer (Scopus)
• 1992

  Decreasing transcription elongation rate in Escherichia coli exposed to amino acid starvation

  Vogel, U., Sørensen, M. A., Pedersen, S., Jensen, K. F. & Kilstrup, M., 1992, I: Molecular Microbiology. 6, 15, s. 2191-2200

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Starvation 100%
  • Escherichia coli 64%
  • Amino Acids 64%
  • Messenger RNA 52%
  • Isoleucine 49%
  52 Citationer (Scopus)

• The rates of macromolecular chain elongation modulate the initiation frequences for transcription and translation in Escherichia coli

  Sørensen, M. A., Vogel, U., Jensen, K. F. & Pedersen, S., 1992, I: Antonie van Leeuwenhoek. International Journal of General and Molecular Microbiology. 63, s. 323-331

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  8 Citationer (Scopus)
• 1991

  Absolute in vivo translation rates of individual codons in Escherichia coli: The two glutamic acid codons GAA and GAG are translated with a threefold difference in rate

  Sørensen, M. A. & Pedersen, S., 1991, I: Journal of Molecular Biology. 222, 2, s. 265-280

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Codon 100%
  • Glutamic Acid 88%
  • Escherichia coli 71%
  • Transfer RNA 22%
  • Ribosomes 21%
  220 Citationer (Scopus)

• An unusual correlation between ppGpp pool size and rate of ribosome synthesis during partial pyrimidine starvation of Escherichia coli

  Vogel, U., Pedersen, S. & Jensen, K. F., 1991, I: Journal of Bacteriology. 173, 3, s. 1168-1174

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • pyrimidine 100%
  • Starvation 88%
  • Ribosomes 84%
  • Pyrimidine Nucleotides 62%
  • Escherichia coli 57%
  19 Citationer (Scopus)

• ClpB Is the Escherichia coli Heat Shock Protein F84.1

  Squires, C. L., Pedersen, S., Ross, B. M. & Squires, C., 1991, I: J. Bacteriol.. Vol.173, no.14, s. 4254-62

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  246 Citationer (Scopus)

• Cysteine, Even in Low Concentrations, Induces Transient Amino Acid Starvation in Escherichia coli

  Sørensen, M. A. & Pedersen, S., 1991, I: J. Bacteriol.. Vol.173, no.16, s. 5244-46

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  38 Citationer (Scopus)
• 1990

  Measurement of translation rates in vivo at individual codons and implication of these rate differences for gene expression

  Sørensen, M. A., Jensen, K. F. & Pedersen, S., 1990, Post-Transcriptional Control of Gene Expression. NATO Asi Series, vol 49. Bind 49. s. 207-216

  Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning

• Metabolic growth rate control in Escherichia coli may be a consequence of subsaturation of the macromolecular biosynthetic apparatus with substrates and catalytic components.

  Jensen, K. F. & Pedersen, S., 1990, I: Microbiology and Molecular Biology Reviews. 54, 2, s. 89-100

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review

  • Ribosomes 100%
  • DNA-Directed RNA Polymerases 91%
  • Escherichia coli 67%
  • Growth 48%
  • RNA 28%
  121 Citationer (Scopus)
• 1989

  Codon usage determines translation rate in Escherichia coli

  Sørensen, M. A., Kurland, C. G. & Pedersen, S., 1989, I: Journal of Molecular Biology. 207, 2, s. 365-77 12 s.

  Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

  • Codon Usage 100%
  • Codon 62%
  • Escherichia coli 51%
  • Messenger RNA 41%
  • Reading Frames 35%
  438 Citationer (Scopus)